Το Αρχαιολογικό Μουσείο Κυθήρων στεγάζεται σε κτήριο εμβαδού 191,53 τμ και χωροθετείται σε γήπεδο εμβαδού 989,955 τμ εντός ρυμοτομικού σχεδίου στη Χώρα Κυθήρων. Το Μουσείο βρίσκεται στην είσοδο του οικισμού της Χώρας και σε μικρή απόσταση από την κεντρική πλατεία του οικισμού.

Μετά από μία μακρά περίοδο εννέα χρόνων που έμεινε κλειστό λόγω ζημιών που υπέστη από τον σεισμό του 2006, το Μουσείο άνοιξε ξανά τις πόρτες του στο κοινό στις 8 Μαΐου 2016, πλήρως ανακαινισμένο και με μία σύγχρονη έκθεση. Το κτήριο διαθέτει σύγχρονες υποδομές, σύνδεση και ελεύθερη πρόσβαση στο διαδίκτυο για τους επισκέπτες, και είναι προσβάσιμο σε Άτομα με Ειδικές Ανάγκες (άτομα με προβλήματα κίνησης και άτομα χωρίς όραση).