Το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Ιεράς Μητρόπολης Αλεξανδρουπόλεως στεγάζει τη συλλογή εκκλησιαστικών αντικειμένων που συγκεντρώθηκαν από τους ναούς και τις μονές της εκκλησιαστικής επαρχίας της οικείας μητρόπολης. Ο κύριος όγκος των έργων χρονολογείται στο 18ο και 19ο αι. Λιγοστά είναι τα εκθέματα, κυρίως παλαίτυπα και λίγες φορητές εικόνες, που χρονολογούνται στους 15ο-16ο-17ο αι.

Το Εκκλησιαστικό Μουσείο Αλεξανδρούπολης στεγάζεται στη Λεονταρίδειο σχολή που βρίσκεται δίπλα στη Μητρόπολη. Οι φορητές εικόνες αποτελούν τον πυρήνα της συλλογής του μουσείου και ταυτόχρονα το σπουδαιότερο και μεγαλύτερο τμήμα της και εκπροσωπούν κάθε κατηγορία. Υπάρχουν εικόνες τέμπλου (δεσποτικές, δωδεκαόρτου, αποστολικά), προσκυνήσεως (προορισμένες για τον τοίχο ή για ιδιαίτερο προσκυνητάρι) και εικόνες διαφόρων μεγεθών για ιδιωτική λατρευτική χρήση. Η συλλογή περιλαμβάνει επίσης τρίπτυχα, μεμονωμένα φύλλα τριπτύχων, ένα ξυλόγλυπτο σταυρό τέμπλου, δύο Εσταυρωμένους λιτανείας, μία εικόνα με παράσταση Επιτάφιου Θρήνου, δύο λυπηρά και ένα δίπτυχο προθέσεως από ξύλο.

Από πλευράς θεματολογίου οι εικόνες καλύπτουν όλη την κλίμακα της ορθόδοξης δογματικής ιεραρχίας. Υπάρχει σημαντική ποικιλία καθιερωμένων εικονιστικών τύπων του Χριστού, της Παναγίας, αλλά και πολλών αγίων, που ανταποκρίνονται στο εορτολόγιο και αγιολόγιο της Εκκλησίας, αλλά και στις ανάγκες για προσκύνηση και λειτουργική χρήση. Παρατηρείται μία προτίμηση σε συγκεκριμένους τύπους της Θεοτόκου (Kυκκώτισσα) και σε ορισμένους αγίους, όπως ο άγιος Χαράλαμπος. Υπάρχουν επίσης κάποιοι τύποι αρκετά σπάνιοι στο θεματολόγιο της όψιμης μεταβυζαντινής ζωγραφικής, όπως η Αγία Ζώνη, οι οποίοι φαίνεται ότι επιχωριάζουν. Ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι αφιερωματικές επιγραφές με τα ονόματα των ζωγράφων, των αφιερωτών και των χορηγών.

Το Εκκλησιαστικό μουσείο τελεί υπό την άμεση εποπτεία της Ιεράς Μητρόπολης Αλεξανδρουπόλεως.