Το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Ιεράς Μητρόπολης Αλεξανδρουπόλεως δημιουργήθηκε χάρη στην πρωτοβουλία του Μητροπολίτη Αλεξανδρουπόλεως και Σαμοθράκης Κυρίου Ανθίμου. Ο σκοπός του μουσείου είναι η περισυλλογή, διαφύλαξη, συντήρηση και έκθεση των πάσης φύσης αντικειμένων που προβάλλουν την εκκλησιαστική τέχνη και την ιστορία της Ιεράς Μητρόπολης Αλεξανδρουπόλεως.

Η Λεονταρίδειος σχολή όπου στεγάζεται το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Ιεράς Μητρόπολης Αλεξανδρουπόλεως αποτελεί ένα νεοκλασικό κτήριο του 1909 δωρεά του Μαρωνίτη εμπόρου Αντώνη Λεονταρίδη. Ως το 1972 λειτουργούσε ως εξατάξιο Γυμνάσιο. Τα εκθέματα που φιλοξενεί το μουσείο συγκεντρώθηκαν με την περισυλλογή αντικειμένων από ναούς και μονές της περιοχής της διοικητικής δικαιοδοσίας της Μητρόπολης Αλεξανδρουπόλεως, από δωρεές ιδιωτών και από κειμήλια που μετέφεραν οι πρόσφυγες κατά τη μετεγκατάστασή τους στον ελλαδικό χώρο το 1922.