Το Παλάτι του Μεγάλου Μαγίστρου αποτελεί το σημαντικότερο ίσως μνημείο της Ιπποτοκρατίας. Κατά τη διάρκεια της ιταλικής αναστήλωσης, κατά τη δεκαετία του 1930, το κτήριο έλαβε τη σημερινή του διαρρύθμιση, αποτελώντας το διοικητήριο, αλλά και την κατοικία του Ιταλού διοικητή. Στις αίθουσες του ορόφου ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει τα ψηφιδωτά δάπεδα που μεταφέρθηκαν από τους Ιταλούς, κυρίως από κοσμικά και εκκλησιαστικά κτήρια της Κω, με σκοπό να διακοσμήσουν το Παλάτι. Εκτός από τα εντυπωσιακά ψηφιδωτά, υπάρχουν επίσης κίονες και κιονόκρανα, έπιπλα μεσαιωνικά, καθρέπτες, πίνακες, κηροστάτες και άλλα αντικείμενα που συμπληρώνουν τον διάκοσμο του επιβλητικού οικοδομήματος.

Σε τμήμα του ισογείου του Παλατιού, σε διαδοχικές αίθουσες, στεγάζεται μόνιμη έκθεση με τίτλο "Η Ρόδος από την παλαιοχριστιανική εποχή μέχρι την κατάληψή της από τους Τούρκους (1522)". Σε αυτήν περιλαμβάνονται διάφορα ευρήματα των ανασκαφών που διεξήχθησαν στη Μεσαιωνική Πόλη (κεραμεικά, γλυπτά, αποτοιχισμένες τοιχογραφίες, φορητές εικόνες, έργα μικροτεχνίας κτλ.)

Μία ακόμη μόνιμη έκθεση που καταλαμβάνει μέρος του ισογείου και του υπογείου παρουσιάζει την αρχαία πόλη της Ρόδου μέσα από τα αρχαιολογικά ευρήματα και την έρευνα πενήντα και πλέον χρόνων.