Το Μουσείο ιδρύθηκε και εγκαινιάσθηκε το 1922 ως διαχρονικό Μουσείο. Από το 1980 και εξής, όποτε μεταφέρθηκαν στο νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Χίου οι αρχαιότητες των προϊστορικών, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων, λειτουργούσε ως Μουσείο Βυζαντινής και Μεταβυζαντινής Τέχνης και στέγαζε τις συλλογές των αντικειμένων που χρονολογούνται στους παλαιοχριστιανικούς, στους βυζαντινούς και στους μεταβυζαντινούς χρόνους. Στους χώρους του φυλάσσονται και λίθινα αντικείμενα των χρόνων της Γενουατοκρατίας στη Χίο (1346-1566).