Το Βυζαντινό Μουσείο Ιωαννίνων ιδρύθηκε το 1995 με σκοπό την διαφύλαξη, προβολή και μελέτη των αντικειμένων που έχουν βρεθεί σε ανασκαφές στην περιοχή της Ηπείρου και καλύπτουν χρονολογικά την παλαιοχριστιανική, βυζαντινή και μεταβυζαντινή περίοδο αλλά και να αποτελέσει την καρδιά ενός πολιτιστικού χώρου που θα φιλοξενεί μουσικές και θεατρικές εκδηλώσεις, περιοδικές εκθέσεις κλπ.

Το Βυζαντινό Μουσείο είναι χτισμένο στα ερείπια του κεντρικού κτιρίου του σεραγιού του Αλή -Πασά, το οποίο καταστράφηκε ολοκληρωτικά το 1870 από πυρκαγιά. Στη θέση του χτίστηκε το Στρατιωτικό Νοσοκομείο, το οποίο κατεδαφίστηκε για να χτιστεί το 1958 το Βασιλικό Περίπτερο όπου σήμερα στεγάζεται το Βυζαντινό Μουσείο.