Μέχρι τα τέλη της δεκαετίας του '60, το κτήριο στέγασε τη Δημοτική Αγορά της πόλης. Ήδη από το 1962 είχε προταθεί η μετατροπή του χώρου σε μουσείο, όραμα του οποίου η υλοποίηση ξεκίνησε μόλις το 1995, όταν το κτήριο παραχωρήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού έπειτα από ομόφωνη απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου Πύργου την οποία και αποδέχθηκε το ΥΠ.ΠΟ. το 1996 με την υπογραφή σχετικής Υπουργικής Απόφασης. Η αποκατάσταση του κτηρίου της Παλαιάς Αγοράς, χρηματοδοτήθηκε από το Γ’ Κοινοτικό Πλαίσο Στήριξης (ΚΠΣ) και ολοκληρώθηκε το 2005.

Τον Αύγουστο του 2006 το λαμπρό κτήριο εγκαινιάσθηκε ανοίγοντας τις πύλες του για το κοινό με μια συμβολική έκθεση αρχαιοτήτων, προοίμιο στην μελλοντική μόνιμη έκθεση η οποία ολοκληρώθηκε το έτος 2015, σύμφωνα με τις επιταγές της σύγχρονης μουσειολογικής αντίληψης και πλέον αποτελεί πραγματική κιβωτό του ορατού τμήματος της Ιστορίας της Ηλειακής γής.

Κατά το δίμηνο Αυγούστου-Σεπτεμβρίου του 2006 την συμβολική έκθεση πλαισίωσαν δύο ακόμη εκθέσεις. Η μία με έργα σύγχρονης γλυπτικής εκ μέρους του Συλλόγου Ελλήνων Γλυπτών και με θεματική συναφή με τον αρχαιοελληνικό κόσμο και τα ιδεώδη του Ολυμπισμού, η άλλη με έργα ζωγραφικής επωνύμων καλλιτεχνών από την συλλογή-δωρεά του Ιδρ. Ι. Λάτση προς στο Λάτσειο Δημοτικό Μέγαρο Πύργου.

Οι μουσειολογικές μελέτες για την οργάνωση της μόνιμης έκθεσης Προϊστορικών, Κλασικών, Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών Αρχαιοτήτων της Ηλείας υλοποιήθηκαν το διάστημα 2006 - 2015 με κονδύλια του ΕΣΠΑ (Εθνικό Στρατηγικό Πλαίσιο Αναφοράς). Το σημερινό ομολογουμένως εντυπωσιακό αποτέλεσμα είναι προϊόν της αγαστής συνεργασίας πλειάδας επιστημόνων και πολλών συναρμόδιων Υπηρεσιών του Υπουργείου Πολιτισμού.