Η Συλλογή της Μονεμβασίας στεγάζεται σε ιστορικό διατηρητέο κτήριο με πολλές οικοδομικές φάσεις: κτίσθηκε ως Τζαμί στην Τουρκοκρατία (16ος αιώνας), μετασκευάσθηκε σε δημόσιο κτήριο στην Β' Ενετοκρατία (1690-1713) και λειτούργησε ως φυλακή και καφενείο μετά την Απελευθέρωση.

Με τη στέγαση σε αυτό της Αρχαιολογικής Συλλογής ξεκινά μια νέα φάση στην ιστορία του.