Στο Νομό Θεσπρωτίας δε λειτουργούσε μέχρι το Δεκέμβριο του 2009 κανένα αρχαιολογικό μουσείο, παρά τον πλούτο των ευρημάτων και τη μακραίωνη ιστορία της περιοχής. Το πάγιο αίτημα -τόσο του τοπικού πληθυσμού όσο και της αρμόδιας Εφορείας Προϊστορικών & Κλασικών Αρχαιοτήτων- για την ίδρυση αρχαιολογικού μουσείου φάνηκε να εκπληρώνεται το 1999 με την ένταξη του έργου «Οικοδομικές και Ηλεκτρομηχανολογικές εργασίες ανέγερσης Μουσείου Ηγουμενίτσας» στο Β΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης.

Η κατασκευή, όμως, του κτιρίου, σε οικόπεδο που είχε παραχωρηθεί από το Δήμο Ηγουμενίτσας, παρόλο που είχε φτάσει σε τελικό στάδιο, δεν ολοκληρώθηκε στα προβλεπόμενα χρονικά πλαίσια, λόγω προβλημάτων που προέκυψαν στην ομαλή χρηματοδότησή του κατά τη διαδικασία «μεταφοράς» του από το Β΄ στο Γ΄ Κοινοτικό Πλαίσιο Στήριξης. Η αποπεράτωση του κτιρίου εντάχθηκε στη συνέχεια στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα της Περιφέρειας Ηπείρου (Γ΄ Κ.Π.Σ.) με τίτλο «Αποπεράτωση Οικοδομικών και Ηλεκτρομηχανολογικών εργασιών ανέγερσης Μουσείου Ηγουμενίτσας» και ολοκληρώθηκε το 2009.

Το έργο «Έκθεση Αρχαιολογικού Μουσείου Ηγουμενίτσας Θεσπρωτίας» εντάχθηκε στο Περιφερειακό Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Ηπείρου του Γ΄ Κοινοτικού Πλαισίου και υλοποιήθηκε απολογιστικά και με αυτεπιστασία αρχικά από την Η΄ Ε.Π.Κ.Α. Κέρκυρας-Θεσπρωτίας μέχρι το 2006 και στη συνέχεια από τη ΛΒ΄ Ε.Π.Κ.Α. Θεσπρωτίας. Από τις 20 Δεκεμβρίου 2009 το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηγουμενίτσας είναι πλέον ανοιχτό για το κοινό.