Το Αρχαιολογικό Μουσείο Αταλάντης στεγάζεται σε παραδοσιακό διατηρητέο διώροφο κτήριο του 1930, το οποίο λειτουργούσε αρχικά ως Γυμνάσιο και αργότερα ως Τεχνικό Λύκειο. Το 1992 με ομόφωνη απόφαση του Δημοτικού Συμβουλίου Αταλάντης το κτήριο του παλαιού Γυμνασίου παραχωρήθηκε στην ΙΔ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, για τη στέγαση και έκθεση των αρχαίων ευρημάτων της περιοχής. Μετά την παραχώρηση και προκειμένου να γίνει δυνατή η στέγαση της αρχαιολογικής έκθεσης, η ΙΔ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων άρχισε τις απαραίτητες επισκευές, όπως την αντικατάσταση της παλαιάς στέγης, κατασκευή σιδερένιων κιγκλιδωμάτων ασφάλειας, νέα ηλεκτρολογική εγκατάσταση κλπ.

Το 1998 ολοκληρώθηκαν οι επισκευές του κτηρίου, το οποίο λόγω της παλαιότητάς του είχε υποστεί πολλές βλάβες, και άρχισε η διαδικασία της οργάνωσης της έκθεσης του Αρχαιολογικού Μουσείου Αταλάντης. Εκτός από τις κτηριακές επισκευές, στον προαύλιο χώρο του μουσείου τοποθετήθηκαν στέγαστρα με κεραμοσκεπή κάλυψη, όπου εκτίθενται διάφορα λίθινα αντικείμενα και αρχιτεκτονικά μέλη. Στην ίδια χρονική περίοδο κατασκευάστηκε ράμπα πρόσβασης για άτομα με ειδικές ανάγκες και ξεχωριστή τουαλέτα.

Τέλος για την καλύτερη λειτουργία και ασφάλεια του κτηρίου, η ΙΔ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων θα προχωρήσει άμεσα σε επιπλέον στατική ενίσχυση του κτηρίου, λόγω της σεισμικότητας της περιοχής, καθώς και στην περαιτέρω διαμόρφωση του αύλιου χώρου.