Το Βυζαντινό Μουσείο Καστοριάς εγκαινιάστηκε το 1989 και λειτούργησε με την αρχική του μορφή έως τον Ιούνιο του 2013. Μέχρι τότε φιλοξενούσε προσωρινή έκθεση με 35 φορητές εικόνες, η οποία καταλάμβανε τον έναν από τους τρεις εκθεσιακούς χώρους.

Η έκθεση αυτή, λόγω του προσωρινού χαρακτήρα της, παρουσίαζε σημαντικές ελλείψεις και αδυναμίες, κυρίως εποπτικού υλικού και ερμηνευτικής προσέγγισης, με συνέπεια την απουσία προβολής τόσο της σπουδαιότητας και ακτινοβολίας της περιώνυμης μεσαιωνικής πόλης της Καστοριάς, όσο και της μοναδικότητας του πλούτου των λαμπρών εικόνων της. Για τους λόγους αυτούς, η νεοσύστατη τότε 16η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων σε συνεργασία με την αρμόδια Διεύθυνση Μουσείων, Εκθέσεων και Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων του Υπουργείου Πολιτισμού, εκπόνησε μουσειολογική – μουσειογραφική μελέτη, η οποία εγκρίθηκε από το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο το 2010. Η μελέτη που εφαρμόζεται στη νέα έκθεση, σε συνδυασμό και με την Μουσειογραφική μελέτη ωρίμανσης – Πρόταση εσωτερικών διαρρυθμίσεων για τη λειτουργική και αισθητική αναβάθμιση των χώρων του Βυζαντινού Μουσείου Καστοριάς, εντάχθηκε ως έργο στο πλαίσια του «ΕΣΠA Μακεδονία- Θράκη 2007-2013» με την Απόφαση 4728/4-12-2012 και συνολικό προϋπολογισμό 1.870.000 ευρώ.

Το νέο εκθεσιακό υλικό του Μουσείου επικεντρώνεται, κατά κύριο λόγο σε φορητές εικόνες και βημόθυρα τέμπλου που ανέρχονται σε εβδομήντα πέντε (75), συνεπικουρούμενο από τέσσερα (4) τμήματα αποτοιχισμένων τοιχογραφιών και πενήντα (50) αντικείμενα μικροτεχνίας. Η ένταξη του υλικού επανεξετάστηκε και εκτέθηκε με βάση τις ακόλουθες κατευθύνσεις, ταυτόσημες με τη σύγχρονη μουσειολογική και μουσειογραφική πρακτική:

-Σύνδεση με το κοινωνικοοικονομικό πλαίσιο της εποχής που επέτρεψε τη δημιουργία των εικόνων και του συστήματος αξιών που αυτές υπηρετούσαν.

-Έμφαση στην αδιάλειπτη ακτινοβολία της πόλης της Καστοριάς, η οποία παρά τον περιφερειακό χαρακτήρα της, άκμασε τόσο στα βυζαντινά, όσο και στα μεταβυζαντινά χρόνια (9ος-19ος αι.).

-Δημιουργία ενός μουσείου προσανατολισμένου αποκλειστικά και μόνο σε βυζαντινές και μεταβυζαντινές εικόνες, το οποίο τεκμηριώνει το μοναδικό χαρακτήρα τους στην Καστοριά και την πολυδιάστατη λειτουργία εν γένει των εικόνων στον κόσμο του Βυζαντίου, ενώ συγκαταλέγεται στα σπουδαιότερα σύνολα εικόνων στον κόσμο.

-Οργάνωση της έκθεσης εικόνων-κειμηλίων σε άμεσο συνδυασμό με τους ναούς από τους οποίους προέρχονται, η οποία θα γίνει αφορμή για την πραγματοποίηση αρχαιολογικού περιπάτου στην Καστοριά, πόλη που θεωρείται κατεξοχήν ως πόλη- ανοικτό/ ζωντανό μουσείο.

- Δημιουργία ενός μουσείου σύγχρονου και «φιλικού» στον μέσο επισκέπτη που ταυτόχρονα διατηρεί και τον επιστημονικό χαρακτήρα του.