Το Αρχαιολογικό Μουσείο ’μφισσας ιδρύθηκε όταν Έφορος Αρχαιοτήτων ήταν ο Ε. Πεντάζος και Δήμαρχος ’μφισσας ο Χρήστος Καμπεράκης, για να φιλοξενήσει τα ευρήματα των ανασκαφών που πραγματοποιούνταν στο Νομό Φωκίδας, αλλά και για να αποτελέσει το κέντρο για τη διάδοση της τοπικής ιστορίας, που μέχρι τότε περιοριζόταν στη γνώση των Δελφών.

Το 1987 ο Δήμος Αμφισσας παραχώρησε για το σκοπό αυτό στο Υπουργείο Πολιτισμού το κτήριο που στεγάζει σήμερα το μουσείο. Ακολούθησαν εργασίες συντήρησης και αποκατάστασης του οικοδομήματος, διαρρύθμισης των εσωτερικών χώρων και εγκατάστασης ηλεκτρομηχανολογικού εξοπλισμού και ηλεκτρονικού συστήματος ασφαλείας.

Στη συνέχεια, το 1996, αφού συντάχθηκε η μουσειολογική μελέτη, άρχισε η εφαρμογή της με το σχεδιασμό και την κατασκευή των προθηκών, τη διαμόρφωση του αύλειου χώρου, την κατασκευή υπόστεγου χώρου για την στέγαση επιγραφών και τη διαμόρφωση μιας αίθουσας πολλαπλών χρήσεων.

Παράλληλα πραγματοποιήθηκαν και οι εργασίες συντήρησης των εκθεμάτων και η μεταφορά όσων μέχρι τότε στεγάζονταν στις αποθήκες του Αρχαιολογικού Μουσείου Δελφών, ενώ η δωρεά της συλλογής των νομισμάτων του φιλάρχαιου φαρμακοποιού της ’μφισσας Δρόσου Κραβαρτόγιαννου έδωσε την ευκαιρία οργάνωσης μιας εκπαιδευτικής έκθεσης με θέμα την ιστορία του χρήματος και των συναλλαγών από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα. Το μουσείο ξεκίνησε τη λειτουργία του στις 18 Μαΐου 2002.