- Ευρήματα από την Κίρρα (ισόγειο, χώρος Α)
Στην πρώτη ενότητα της έκθεσης κυριαρχούν τα ευρήματα από τον προϊστορικό οικισμό της Κίρρας, που αναπτύχθηκε κοντά στο λιμάνι του Κορινθιακού κόλπου, και τα πολυάριθμα αφιερώματα από το σημαντικό υστεροαρχαϊκό και κλασικό ιερό, που δημιουργήθηκε στην ίδια θέση. Πρόκειται για λίθινα εργαλεία, αγγεία, όπλα, κοσμήματα, προτομές, ειδώλια κορών και καθιστών γυναικείων θεοτήτων, ομοιώματα ζώων και μικρογραφικά αγγεία. Από τα εκθέματα ξεχωρίζει η κλειστή ερυθρόμορφη κύλικα με παράσταση στεφανωμένου αθλητή.

- Ευρήματα από το Κάλλιο (ισόγειο, χώρος Β)
Εκτίθενται γλυπτά, που αποκαλύφθηκαν στην ανασκαφή της σημαντικής αιτωλικής πόλης του Καλλίου, λίγο πριν κατακλυσθεί από τα νερά της τεχνητής λίμνης του Μόρνου. Από τα γλυπτά αυτά ξεχωρίζει το άγαλμα της Περσεφόνης, που είναι στημένο στο αρχαίο βάθρο.

- Ευρήματα από διάφορες θέσεις της αρχαίας Φωκίδας και της Δυτικής Λοκρίδας (ισόγειο, χώρος Γ)
Εδώ φιλοξενούνται εκθέματα από τη Λίλαια, το αγροτικό ιερό της Δήμητρας στον Έρωχο, το μυκηναϊκό θαλαμωτό τάφο στο Μούλκι Ιτέας, τον προϊστορικό οικισμό και τους τάφους στο Χρισσό, τους τάφους της Αγίας Ευθυμίας, του Κάμπου και της Ερατεινής. Τα εκθέματα είναι κυρίως αγγεία προϊστορικών χρόνων, ειδώλια, κοσμήματα και όπλα.

- Ευρήματα από την ’μφισσα (όροφος)
Εκτίθενται ευρήματα από τις σωστικές ανασκαφές οικοπέδων στην ’μφισσα οργανωμένα κατά θεματικές ενότητες, για να παρουσιάσουν την ιστορία της πόλης από τους πρώτους ιστορικούς χρόνους ως το τέλος της αρχαιότητας. Σε ορισμένες περιπτώσεις συμπληρώνονται και με ευρήματα από άλλες θέσεις για την πληρέστερη παρουσίαση ενός θέματος. Οι θεματικές ενότητες είναι: η οικοδομική δραστηριότητα, η οικιακή ζωή, η διατροφή, οι ασχολίες του άνδρα, της γυναίκας και του παιδιού, η δημόσια ζωή, η ιατρική, τα κεραμικά εργαστήρια, η χαλκουργία, οι ταφές, τα γυάλινα αγγεία, η θρησκεία, η λατρεία και άλλες εκφράσεις της θρησκευτικής και κοινωνικής ζωής (θέατρο, χορός, μουσική). Τα εκθέματα περιλαμβάνουν κυρίως ειδώλια, αγγεία και μεταλλικά αντικείμενα, και από αυτά ξεχωρίζουν το χάλκινο κράνος, η μελανόμορφη πρόχους με παράσταση σατύρου και τα χρυσά κοσμήματα.

- Συναλλαγές-νόμισμα (όροφος, μικρή αίθουσα)
Στη μικρή αίθουσα του ορόφου φιλοξενείται μία έκθεση με εκπαιδευτικό χαρακτήρα, για την ιστορία του νομίσματος και την εξέλιξη των συναλλαγών από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα. Παρουσιάζονται αντικείμενα από τη συλλογή του Δρόσου Κραβαρτόγιαννου, συλλέκτη από την ’μφισσα, τα προκερματικά χρήματα από το αγροτικό ιερό της Δήμητρας στον Έρωχο, ο «θησαυρός της ’μφισσας?, καθώς και ευρήματα από τις ανασκαφές της Ι΄ Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων.

- Επιγραφές και ψηφιδωτά (αυλή)
Στον υπόστεγο χώρο της αυλής του μουσείου εκτίθενται επιγραφέ που πρέρχονται από διάφορες περιοχές του Νομού Φωκίδας και ψηφιδωτά που προέρχονται από κοσμικά κτίσματα και παλαιοχριστιανικές βασιλικές της ’μφισσας.