Το Μουσείο δημιουργήθηκε από το Δήμο Ηρακλείου, μετά από την οργάνωση έκθεσης ντοκουμέντων της περιόδου 1941-1945, κατά τον εορτασμό των 50 χρόνων από τη "Μάχη της Κρήτης", το 1941.

Παράλληλα το Μουσείο λειτουργεί και ως κέντρο μελετών από επιτελείο επιστημόνων και ερευνητών οι οποίοι έχουν αναλάβει τη συγκέντρωση αρχειακού υλικού από δέκα χώρες, τη μετάφραση εγγράφων των εμπολέμων 1940-1945, καθώς και τη συγγραφή της ιστορίας της μάχης της Κρήτης.