Tο Μουσείο Αγίου Νικολάου δημιουργήθηκε το 1970 με σκοπό να στεγάσει τα πολυάριθμα νέα αρχαιολογικά ευρήματα της Ανατολικής Κρήτης που ως τότε πήγαιναν στο Μουσείο Ηρακλείου.