Η συλλογή του Εκκλησιαστικού Μουσείου Ιεράς Μητροπόλεως Μαρώνειας και Κομοτηνής

συστάθηκε για πρώτη φορά το 1962 από τον τότε Μητροπολίτη Μαρώνειας Τιμόθεο. Αρχικά φιλοξενήθηκε στο Μητροπολιτικό Μέγαρο Κομοτηνής. Το 1987 εγκαταστάθηκε σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο στην εκκλησιαστική στέγη "Οι Τρεις Ιεράρχες". Το 1996 με απόφαση της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας που δημοσιεύτηκε στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης (Κανονισμός αριθ.85/1996, ΔΕΚ 248/Α/30-10-1996) εγκρίθηκε και επισήμως η σύσταση του μουσείου. Για τη μόνιμη στέγασή του παραχωρήθηκε το οθωμανικό μνημείο Ιμαρέτ που ανήκε στη Μητρόπολη Μαρώνειας και Κομοτηνής, όπου και λειτουργεί από το 1999.

Το κτήριο όπου στεγάζεται το μουσείο λειτουργούσε ως μονάδα παραγωγής ηλεκτρικού ρεύματος της πόλης της Κομοτηνής καθώς και ως παγοποιείο. Μετά την παραχώρηση του το 1996 για τη στέγαση της συλλογής πραγματοποιήθηκαν μια σειρά αναστηλωτικών επεμβάσεων από την 12η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων. Οι επεμβάσεις πραγματοποιήθηκαν με χρηματοδότηση της Περιφέρειας Ανατολικής Μακεδονίας και Θράκης, μέσω της Μητρόπολης, προκειμένου να αποκατασταθεί η ιστορικότητα του μνημείου και να καταστεί αυτό λειτουργικό. Για το σκοπό αυτό απομακρύνθηκαν όλες οι νεότερες κατασκευές που είχαν προστεθεί στο κτήριο από τις μεταγενέστερες χρήσεις του. Επίσης καθαιρέθηκαν τα κατεστραμμένα κονιάματα ενώ διατηρήθηκαν τα καλύτερα σωζόμενα, συμπληρώθηκαν τα κενά της τοιχοποιίας, αποκαταστάθηκαν τα παράθυρα στην αρχική τους μορφή, έγινε ανακεράμωση της στέγης με κεραμίδια ιδίου τύπου που συγκεντρώθηκαν από παλαιά σπίτια και προστέθηκαν πόρτες, παράθυρα και δάπεδο. Διαμορφώθηκε επίσης ο αύλειος χώρος.