Η ιδέα της κατασκευής ενός μουσείου ενταγμένου στον Αρχαιολογικό Χώρο Μυκηνών οφείλεται στον αείμνηστο αρχαιολόγο Γιώργο Μυλωνά, της Αρχαιολογικής Εταιρείας.

Οι εργασίες ανέγερσης του μουσειακού συγκροτήματος των Μυκηνών άρχισαν το 1985. Μία πρώτη φάση ολοκληρώθηκε έως το 1987 αφού προηγήθηκαν ανασκαφές. Οι εργασίες ανέγερσης του κτηρίου και διαμόρφωσης των εσωτερικών και εξωτερικών του χώρων περατώθηκαν το 1997. Στη συνέχεια μεταφέρθηκε εκεί το ανασκαφικό υλικό που φυλασσόταν έως τότε σε μικρή αποθήκη στο χώρο. Μεταφέρθηκε επίσης στο Μουσείο, από το 1999 έως το 2002, το σύνολο του υλικού που στεγαζόταν στις αποθήκες ή την μόνιμη έκθεση του Αρχαιολογικού Μουσείου Ναυπλίου και μέρος του υλικού που υπήρχε στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο Αθηνών.

Η επιλογή της θέσης του μουσείου και η σύλληψη της κτιριακής του μορφής του προήλθαν από την ανάγκη να στεγαστεί το άφθονο υλικό των Μυκηνών και ταυτόχρονα να δημιουργηθεί έκθεση, ενημερωτικού και διδακτικού χαρακτήρα, στην οποία να παρουσιάζονται στο φυσικό τους τοπίο οι διαδοχικές περίοδοι χρήσης του χώρου και να προβάλλεται επί τόπου ο μυκηναϊκός πολιτισμός.

Το Μουσείο εγκαινιάστηκε στις 31 Ιουλίου 2003 από τον τότε Υπουργό Πολιτισμού, κ. Ευάγγελο Βενιζέλο.



Το Σεπτέμβριο του 1999 η Ομάδα Εργασίας Μυκηνών, νυν Επιτροπή Μυκηνών, η οποία έγινε τότε αυτόνομη από την Ομάδα Εργασίας Συντήρησης και Στερέωσης Μνημείων Επιδαύρου (Ο.Ε.Σ.Μ.Ε.) ανέλαβε τις εργασίες για τη μόνιμη έκθεση του νέου μουσείου, με υπεύθυνη την κ. Ελισάβετ Σπαθάρη, Επίτιμη Διευθύντρια Αρχαιοτήτων, ενώ η οργάνωση και η λειτουργία του εντάχθηκαν στο Ταμείο Διαχείρισης Πιστώσεων για τα Μεγάλα Αρχαιολογικά Έργα (ΤΔΠΕΑΕ), με χρηματοδότηση από το Γ' ΚΠΣ. Τον Απρίλιο του 2007, η Επιτροπή των Μυκηνών ανασυγκροτήθηκε και ανέλαβε το έργο για τη «Συντήρηση, στερέωση και ανάδειξη των Μνημείων Ακροπόλεως Μυκηνών και του ευρύτερου περιβάλλοντος χώρου». Η νέα αυτή Επιτροπή, τελεί τις εργασίες της υπό την προεδρία της κ. Ν. Σγουρίτσα και τη συμμετοχή των μελών κκ. Α. Νακάση, Α. Κόρκα, Ν. Μίνω, Ε. Παπάζογλου-Μανιουδάκη, Ε. Παλαιολόγου και Μ. Καρύδη-Βλασσοπούλου.