Ενότητες της έκθεσης
Η ζωή των Μυκηναίων (πρώτη αίθουσα)
Στη πρώτη ενότητα παρουσιάζεται πρώτα η χρήση του χώρου συνοπτικά έως το τέλος της Μυκηναϊκής εποχής, μέσω της εξέλιξης της κεραμικής. Ακολουθούν τα σημαντικότερα αρχιτεκτονικά συγκροτήματα της Ακρόπολης, η πύλη των Λεόντων, η Σιταποθήκη, τα τείχη, το ανακτορικό συγκρότημα, το Θρησκευτικό Κέντρο, στο οποίο γίνεται ιδιαίτερη μνεία, καθώς και τα δέκα οικιακά μυκηναϊκά συγκροτήματα εκτός της Ακρόπολης.
Μεταθανάτια ζωή (δεύτερη αίθουσα)
Το υλικό της δεύτερης ενότητας προέρχεται από τον Ταφικό Κύκλο Β, του οποίου οι τάφοι παρουσιάζονται αναλυτικά σε προθήκες με ημικυκλική διάταξη, καθώς και από διάφορα νεκροταφεία θαλαμωτών τάφων της περιοχής, σε τοπογραφικές ενότητες. Αντίγραφα των σημαντικότερων κτερισμάτων αντιπροσωπεύουν τον Ταφικό Κύκλο Α. Τα εκθέματα της ενότητας παρουσιάζονται κατά χρονολογική σειρά.
Χρήση του χώρου κατά τους ιστορικούς χρόνους (τρίτη αίθουσα)
Το μισό της τρίτης αίθουσας είναι αφιερωμένο στην τρίτη ενότητα, με υλικό που προέρχεται από ταφικά κτερίσματα της υπομυκηναϊκής, γεωμετρικής, αρχαϊκής και ελληνιστικής εποχής, ιερά της αρχαϊκής και κλασικής εποχής όπως το Αγαμεμνόνειον και το ιερό του Ενυαλίου, και από κτιριακά συγκροτήματα της ελληνιστικής εποχής. Σε ξεχωριστή προθήκη παρουσιάζεται η συλλογή νομισμάτων των Μυκηνών.
Μυκηναϊκός πολιτισμός (τρίτη αίθουσα)
Ο υπόλοιπος χώρος είναι αφιερωμένος στη μοναδικότητα του Μυκηναϊκού πολιτισμού, με ενότητες που αφορούν στις βασικές δραστηριότητες των Μυκηναίων και στα επιτεύγματα του ανακτορικού συστήματος διακυβέρνησης, στη θρησκεία, το εμπόριο, τη διοίκηση, την τέχνη και την τεχνολογία.