Το θέμα αφορά την ίδρυση της Θεσσαλονίκης, το χρόνο, τον τρόπο και το περιβάλλον που ιδρύθηκε. Σημαντικά γεγονότα που σχετίζονται άμεσα ή έμμεσα με την ιστορία της αποτυπώνονται σε μία κατατοπιστική χρονογραμμή, ενώ σε βίντεο προβάλλεται η χαρτογραφική ιστορία της. Επίσης, υπάρχουν πληροφοριακοί σταθμοί, όπου άτομα με αναπηρία μπορούν να περιηγηθούν εικονικά στην έκθεση.

Ένα μέρος του ορόφου με υπερυψωμένο δάπεδο και τέσσερα τραπέζια με καρέκλες παραπέμπει σε χώρο εστίασης. Οι επιφάνειες των τραπεζιών είναι οθόνες με βίντεο που παρουσιάζουν τη διαδικασία μαγειρέματος φαγητών και γλυκών, χαρακτηριστικών του γεύσεων της Θεσσαλονίκης, στις οποίες καθρεφτίζεται η ποικιλία των ανθρώπων διαφορετικής προέλευσης και κουλτούρας που έζησαν σ’ αυτήν. Το υπόλοιπο του χώρου φιλοξενεί το πωλητήριο του Ταμείου Αρχαιολογικών Πόρων.

Το θέμα του ορόφου αφορά το εμπόριο και την οικονομία της πόλης, τους ανθρώπους και τους τόπους του εμπορίου, τα προϊόντα και τις παραγωγικές δραστηριότητες. Τα παραπάνω παρουσιάζονται στον κεντρικό χώρο σε μία σκηνογραφική σύνθεση που συνδυάζει αρχαιολογικό υλικό, γραφιστικά, βίντεο και πληροφορία. Στα περιμετρικά δωμάτια παρουσιάζονται τα ίδια θέματα αναλυτικότερα, αλλά και θέματα όπως η ΔΕΘ, οι συντεχνίες, η εκβιομηχάνιση και το εργατικό κίνημα.

Ο πέμπτος όροφος αφορά την πνευματική και καλλιτεχνική ζωή της πόλης. Στον κεντρικό χώρο υπάρχει προβολή με αρχειακό και σύγχρονο υλικό, που παρουσιάζει «το θέαμα της πόλης», δηλαδή εικόνες από την καλλιτεχνική και αθλητική ζωή της Θεσσαλονίκης. Στα περιμετρικά δωμάτια παρουσιάζονται με γραφιστικά, κινηματογραφικό και ηχητικό υλικό θέματα όπως οι εφημερίδες της Θεσσαλονίκης, η τηλεόραση και το ραδιόφωνο, το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο, οι σχολές και τα εκπαιδευτικά ιδρύματα, η λογοτεχνία, το θέατρο, ...

Παρουσιάζεται η πολεοδομική εξέλιξη της Θεσσαλονίκης διαχρονικά και οι βασικές υποδομές της. Στον κεντρικό χώρο αποδίδεται αφενός εικαστικά και αφετέρου με προβολή βίντεο η πολεοδομική ιστορία της, ενώ στα περιμετρικά δωμάτια αναπτύσσονται τα θέματα της αλλαγής της φυσιογνωμίας της, που μεταλλάσσεται από ανατολίτικη σε ευρωπαϊκή, ιδιαίτερα μετά την πυρκαγιά του 1917 και την εφαρμογή του ρυμοτομικού σχεδίου του Γάλλου πολεοδόμου Εμπράρ.

Το θέμα του ορόφου αφορά την ιστορία της Θεσσαλονίκης. Στον κεντρικό χώρο σε 7 οθόνες προβάλλονται 7 βίντεο, τα οποία έχοντας ως αφετηρία ισάριθμα μνημεία της πόλης παρουσιάζουν τις ιστορικές περιόδους της Θεσσαλονίκης (ελληνιστική, ρωμαϊκή, βυζαντινή, μεταβυζαντινή). Στα περιμετρικά δωμάτια σημαντικά γεγονότα που σημάδεψαν την ιστορία της σχολιάζονται εκτενέστερα.

Οι άνθρωποι της Θεσσαλονίκης είναι το θέμα του ορόφου, οι γηγενείς κάτοικοί της, αλλά και εκείνοι που βρήκαν σ’ αυτήν μια νέα πατρίδα, ερχόμενοι από άλλους τόπους, που αναγκάστηκαν να αφήσουν. Στον κεντρικό χώρο μία μικρού μήκους ταινία, αρχειακό φωτογραφικό υλικό και γραφιστικές συνθέσεις απεικονίζουν το ανθρώπινο πήγαινε-έλα στο πέρασμα των αιώνων. Στα περιμετρικά δωμάτια σχολιάζονται η καθημερινή ζωή των Θεσσαλονικέων διαχρονικά, οι πρόσφυγες του 1922, η ιστορία των Εβραίων στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, ...

Στον εξώστη του 6ου ορόφου μεταλλικές πινακίδες παρουσιάζουν εικόνες από το παρελθόν για τοποθεσίες, μνημεία κλπ., όπως φαίνονταν από τον εξώστη του Πύργου, δίνοντας στον επισκέπτη την ευκαιρία για σύγκριση με τη σημερινή εικόνα.