Ερείπια τρίκλιτης Βασιλικής αποκαλύφθηκαν πίσω από τη δυτική πλευρά της τεράστιας Αγοράς, και ΝΝΑ του μεγάλου Θεάτρου της Μεσσήνης. Ο ναός, με διαστάσεις 16 x 38μ., φαίνεται ότι χτίστηκε στα τέλη του 7ου αι. μ.Χ. με οικοδομικό υλικό προγενεστέρων οικοδομημάτων. Τούτο συμπεραίνεται από την πλακόστρωση του μεσαίου κλίτους και από τον τοίχο της αψίδας.

Με συνεχείς επισκευές και προσθήκες συνέχισε να λειτουργεί σε όλη τη διάρκεια της Βυζαντινής εποχής. Κατά την εποχή της Φραγκοκρατίας χρησιμοποιήθηκε ως κοιμητηριακή, καθώς τα πλευρικά της κλίτη απέκτησαν αψίδες και χρησιμοποιήθηκαν για ταφές. Οι περισσότερες από τις βάσεις των ιωνικών κιόνων της σώζονται στη θέση τους. Γύρω από το κτίσμα βρίσκονται διάσπαρτα αρκετά αρχιτεκτονικά μέλη του τέμπλου από την πρώτη φάση κατασκευής της.

Δύο πεσσόσχημα ασβεστολιθικά βάθρα αποκαλύφθηκαν κατά την ανασκαφή του κτίσματος δεξιά και αριστερά της κόγχης του Ιερού. Οι μονόστιχες επιγραφές στα μέτωπά τους αποδίδουν τα ονόματα του Μεγάλου Αλεξάνδρου και του Αριστομένη. Από τον τύπο των βάθρων συμπεραίνεται, ότι οι ανδριάντες που είχαν τοποθετηθεί σε αυτά, ήταν χάλκινοι και όχι μαρμάρινοι. Η τοποθέτησή τους στο Ιερό της Βασιλικής φανερώνει την πρόθεση των ιδρυτών της εκκλησίας, να συνδέσουν τη νέα θρησκεία με τους θρυλικούς στρατηγούς της αρχαιότητας.

Ταφικού και κοσμικού χαρακτήρα κτίσματα, εκτός από την ίδια τη Βασιλική, μαρτυρούν ότι η ζωή συνεχίστηκε στη Μεσσήνη και μετά τη γενική εποχή πτώσης, εγκατάλειψης και κατάρρευσης των περισσοτέρων κτισμάτων των προηγουμένων αιώνων, η οποία χρονολογείται γύρω στο 360/370 μ.Χ.

Αμέσως ανατολικά του οικοδομικού συγκροτήματος του Ασκληπιείου αναπτύσσεται πυκνά δομημένος χριστιανικός συνοικισμός (5ος-6ος αι. μ.Χ.) με εργαστήριο υαλουργίας και μεμονωμένους τάφους. Ο οικισμός αυτός καταλαμβάνει σχεδόν ολόκληρη την αίθουσα του Αρχείου (Γ-Γ) με επέκταση προς τα νότια, αλλά και βορειότερα προς τον χώρο της Αγοράς, όπου διατηρούνται ερείπια από δύο τουλάχιστον ακόμη Βασιλικές. Όταν ο οικισμός έπαψε να λειτουργεί, μετακινήθηκε, προφανώς, βορειότερα, προς την περιοχή του Θεάτρου. Επομένως, το κέντρο της βυζαντινής πόλης φαίνεται να εντοπίζεται γύρω από το Θέατρο και την Κρήνη Αρσινόη φτάνοντας ως τα βόρεια της Αγοράς. Τούτο αποδεικνύεται από τα οικιστικά κατάλοιπα και την κεραμική, η οποία χρονολογικά καλύπτει την περίοδο από τα τέλη του 9ου μέχρι και τον 15ο αι. μ.Χ.