Στο ΝΔ τμήμα της ακρόπολης βρίσκεται το θρησκευτικό κέντρο των Μυκηνών. Πρόκειται για ένα συγκρότημα κτηρίων θρησκευτικού χαρακτήρα, ο οποίος επιβεβαιώνεται τόσο από τα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα όσο και από τα ευρήματα λατρευτικού χαρακτήρα που βρέθηκαν εκεί. Η ιδιαιτερότητά του έγκειται στο ότι καταλαμβάνει μια μεγάλη έκταση στο χώρο της ακρόπολης. Η ανασκαφή στο θρησκευτικό κέντρο ξεκίνησε από τον Τσούντα, συνεχίστηκε από τον Wace, και μετά τον Taylour και ολοκληρώθηκε από τον Μυλωνά.

Αυτά τα κτήρια κατασκευάστηκαν σε διάφορα χρονικά διαστήματα από τα τέλη του 14ου αιώνα π.Χ ως τα μέσα του 13ου αιώνα π.Χ. Καταστράφηκαν στο τέλος του ίδιου αιώνα από φωτιά. Στη συνέχεια τα κτήρια επιδιορθώθηκαν και χρησιμοποιήθηκαν ως το τέλος της μυκηναϊκής εποχής. Ο χώρος χρησιμοποιήθηκε και κατά τη διάρκεια της ελληνιστικής περιόδου, όταν πάνω από το θρησκευτικό κέντρο χτίστηκαν κάποια σπίτια, λόγος για τον οποίο έχουν διαταραχθεί τα ανασκαφικά στρώματα της Μυκηναϊκής εποχής.

Το θρησκευτικό κέντρο βρίσκεται σε τρία επίπεδα. Η κατασκευή του ορίζεται από την κλίση του εδάφους. Μια πομπική οδός, διευκόλυνε την επικοινωνία μεταξύ της περιοχής του ανακτόρου και του θρησκευτικού κέντρου. Ξεκινούσε από τα ανάκτορα με κατεύθυνση Ν-Β και Β-Ν και έφτανε στο επονομαζόμενο ''Ιερό Γάμμα''. Σ' ένα σημείο όπου βρέθηκε το κατώφλι της πομπικής οδού στη θέση του και μια τοιχογραφία δεξιά στον κατερχόμενο δρόμο δείχνει ότι ο χώρος εκεί ήταν στεγασμένος..

Το ''Ιερό Γάμμα'', που βρίσκεται στο α΄ επίπεδο, είναι το πρωιμότερο κτίσμα στο χώρο. Είναι ορθογώνιας κάτοψης και αποτελείται από 2 δωμάτια (Γ1, Γ2) τα οποία επικοινωνούσαν μεταξύ τους. Στο ένα δωμάτιο βρέθηκαν έδρανα στα οποία τοποθετούσαν λατρευτικά αντικείμενα, βωμός και τράπεζα θυσιών. Η χρήση του βωμού κατά τη διάρκεια τελετών επιβεβαιώνεται και από ίχνη πυρράς που βρέθηκαν εκεί. Πρόκειται για ένα ιερό που επικοινωνούσε με ένα μικρότερο δωμάτιο, το οποίο έχει ερμηνευθεί ως άδυτο από τα θρησκευτικού περιεχομένου αντικείμενα που βρέθηκαν. Το γνωστό παλλάδιο των Μυκηνών βρέθηκε στο άδυτο. Είναι ένα ζωγραφισμένο πλακίδιο στο οποίο εικονίζονται 2 γυναικείες μορφές, πιθανότατα ιέρειες. Ανάμεσα τους βρίσκεται και μια άλλη μορφή η οποία είναι καλυμμένη με μια οκτώσχημη ασπίδα.

Από αυτό το κτήριο μπορούσε κανείς να φτάσει στο λεγόμενο ''Εργαστήριο'', το οποίο βρίσκεται στο β΄ επίπεδο. Κοντά σ' αυτό βρίσκεται η ''Οικία των Ειδώλων''. Αποτελείται από ένα προθάλαμο, ένα κυρίως δωμάτιο και ένα ακόμη μικρό δωμάτιο στο οποίο ανεβαίνει κανείς μέσω μιας κλίμακας. Πίσω από τη ΒΔ γωνία του ναού υπάρχει ένας περίκλειστος τριγωνικός χώρος με δάπεδο το βράχο, το οποίο είχαν χρησιμοποιήσει ως αποθέτη. Εκεί βρέθηκαν θραύσματα ειδώλων. Ο ναός είχε τρεις ξύλινους κίονες κατά μήκος της ανατολικής του πλευράς, μια χαμηλή λιθόκτιστη εξέδρα, μια κλίμακα που οδηγούσε στο πατάρι με τα είδωλα και δύο χτιστά έδρανα, στα οποία ενδεχομένως ακουμπούσαν τα είδωλα.

Τα πιο γνωστά ευρήματα ήταν μεγάλα και μικρά ανθρωπόμορφα είδωλα και ομοιώματα φιδιών που κοσμούν την πρώτη αίθουσα του Μουσείου Μυκηνών. Από τους ερευνητές υποστηρίζεται ότι τα ανθρωπόμορφα είδωλα απεικονίζουν θεότητες ή πιθανόν πιστούς που παίρνουν μέρος σε κάποια τελετή. Οι ερμηνείες που έχουν προταθεί και για τα ομοιώματα φιδιών είναι ότι συμβολίζουν το θάνατο και τη ζωή, τον κάτω κόσμο και τη γη.

Από το λεγόμενο ''Εργαστήριο'' περνάμε στην ''Οικία Τσούντα''. Η ''Οικία Τσούντα'' αποτελείται από τρεις υπόγειους χώρους, το ισόγειο με ένα κυρίως δωμάτιο και μικρά δωμάτια τα οποία πιθανότατα είχαν οικιακή χρήση. Εδώ φυλάσσονταν προϊόντα και αντικείμενα που είχαν σχέση με τη λατρεία και χρησιμοποιούνταν κατά τη διάρκεια τελετουργιών.

ΝΑ της ''Οικίας των Ειδώλων'', στο 3ο επίπεδο, βρίσκεται το συγκρότημα των 5 δωματίων από το οποίο ήρθαν στο φως πλούσια ευρήματα, όπως αγγεία, ελεφαντοστέινα αντικείμενα κ.α. Από την πρώτη περίοδο κατασκευής του μαρτυρείται η ύπαρξη βωμού, κεντρικής εστίας, αδύτου, αλλά και τοιχογραφιών στο μεγαλύτερο δωμάτιο του συγκροτήματος που ονομάζεται ''δωμάτιο με την τοιχογραφία''.

Στο πρώτο επίπεδο στην τοιχογραφία που εκτίθεται στο Μουσείο Μυκηνών εικονίζονται δύο γυναικείες μορφές. Η μια κρατάει ξίφος και η άλλη σκήπτρο ή λόγχη. Ανάμεσα τους αιωρούνται δύο ανδρικές γυμνές μορφές. Όλες οι παραπάνω μορφές βρίσκονται σε ένα δωμάτιο με δάπεδο και κίονες που στηρίζουν την οροφή. Στο αριστερό και κάτω επίπεδο του τοίχου απεικονίζεται μια γυναικεία μορφή που κρατάει στάχυα και συνοδεύεται από ένα ζώο, πιθανότατα ένα γρύπα. Εντάσσεται και αυτή σε ένα δωμάτιο με κίονες και ίσως είναι μια θεότητα η οποία συμβολίζει τη γονιμότητα, προσφέροντας στάχυα στο βωμό.