Η Μονή του Αρκαδίου, αφιερωμένη στη μνήμη της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα και των αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, έχει ιδιαίτερη σημασία ως το πλέον χαρακτηριστικό παράδειγμα της Κρητικής Αναγέννησης, αλλά και λόγω της έντονης συμμετοχής της στους απελευθερωτικούς αγώνες των κρητικών, με αποκορύφωμα την πολιορκία και την αυτοθυσία των κλεισμένων σε αυτή υπερασπιστών το 1866. Τα πρώτα βεβαιωμένα στοιχεία για τη Μονή ανάγονται στις αρχές του 16ου αιώνα, εποχή κατά την οποία κτίστηκε και το αρχικό μονόχωρο καθολικό. Το 1572 κάτω από την καθοδήγηση του ιδιοκτήτη της Μονής Ματθαίου Καλλέργη και του ηγουμένου Κλήμη Χορτάτζη, η Μονή μετατρέπεται σε κοινόβιο και αρχίζει η οικοδόμηση του νέου δίκλιτου καθολικού με την περίλαμπρη πρόσοψη από λαξευτό πωρόλιθο, στη σύνθεση της οποίας έχουν αναγνωριστεί άμεσες επιδράσεις από τα έργα των μεγάλων αρχιτεκτόνων Sebastiano Serlio και Andrea Palladio.

Η Μονή Αρκαδίου είναι ένα τετράπλευρο συγκρότημα μεγίστων διαστάσεων 73,80Χ78,80 μέτρων, που περικλείει μια μεγάλη αυλή στο μέσο και προς τα νότια της οποίας υπάρχει το νέο καθολικό. Στη δυτική πτέρυγα, όπου υπάρχει και η κεντρική πύλη με το τοξωτό διαβατικό υπάρχουν θολοσκέπαστοι, αποθηκευτικοί χώροι στο ισόγειο και κελιά μοναχών στον όροφο. Στη βόρεια πτέρυγα υπάρχει το σύγχρονο ηγουμενείο, που αντικατέστησε το κατεστραμμένο αρχικό και στη συνέχεια ένα μεγάλο θύρωμα οδηγεί στην κλειστή αυλή της κοινής τράπεζας. Ανατολικά της τράπεζας και εκατέρωθεν ενός μεγάλου θολοσκέπαστου χώρου, του "σαρνιτσίου", που έχει κάτω από το δάπεδό του ισομεγέθη δεξαμενή, είναι διατεταγμένα τα μαγειρεία, ο φούρνος, το ζυμωτήριο, αποθήκες τροφίμων και διώροφα κελιά μοναχών. Στη συνέχεια η πτέρυγα κλείνει με την κρασαποθήκη, που είχε μετατραπεί σε πυριτιδαποθήκη το 1866 και ανατινάχθηκε, στέλνοντας στο θάνατο εχθρούς και φίλους από τον Κωνσταντίνο Γιαμπουδάκη. Ακολουθεί η ανατολική πύλη και στη συνέχεια τα, ως επί το πλείστον διώροφα κελιά της ανατολικής πτέρυγας. Το ανατολικό τμήμα της νότιας πτέρυγας στο ισόγειο με την κλειστή, θολωτή στοά, ονομάζεται "Μεσοκούμια και φιλοξενούσε τους γέροντες και ασθενείς μοναχούς, ενώ στον όροφο υπάρχουν κελιά με πλατύ διάδρομο μπροστά τους. Ακολουθούν προς τα δυτικά συνεχόμενοι, θολοσκέπαστοι χώροι, που χρησίμευαν ως αποθήκες για το λάδι και το κρασί, προϊόντα για τα οποία η Μονή φημιζόταν πάντα. Στους χώρους αυτούς πρόκειται να στεγαστεί το νέο Μουσείο, που σήμερα φιλοξενείται στα νεώτερα κτίσματα, πάνω από τις αποθήκες. Δυτικά της Μονής είναι κτισμένο το βαρύ συγκρότημα των στάβλων, αποτελούμενο από τρεις θολοσκέπαστους χώρους και κτίστηκε το 1714.

Εκτός από το καθολικό, που κτίστηκε μεταξύ του 1572 και 1587, το υπόλοιπο συγκρότημα της Μονής Αρκαδίου κτίστηκε μεταξύ του 1670 και 1714, όπως διαπιστώνουμε από τις σωζόμενες επιγραφές, αλλά και από τις πληροφορίες των ιστορικών πηγών. Πρόκειται για ένα τυπικό παράδειγμα μανιεριστικής αρχιτεκτονικής, που είχε επικρατήσει στη βενετοκρατούμενη Κρήτη από τα μέσα του 16ου αιώνα και απετέλεσε της τοπικής λαϊκής παράδοσης. Η Μονή έχει πολλές οικοδομικές φάσεις, που χρονολογούνται κυρίως μετά τη μεγάλη καταστροφή του 1866.

Η Μονή Αρκαδίου στα χρόνια της λειτουργίας της υπήρξε κέντρο Παιδείας, αντιγραφής χειρογράφων και άσκησης της χρυσοκεντητικής . Πολλά χειρόγραφα σώζονται σε βιβλιοθήκες του εξωτερικού, ενώ ένας σημαντικός αριθμός από χρυσοκέντητα άμφια, έργα των καλλιτεχνών-μοναχών, εκτίθενται στο Μουσείο, ή σώζονται στα διάφορα, μεγάλα κέντρα της Ορθοδοξίας.