Στα τέλη της Ύστερης Εποχής του Χαλκού - αρχές της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου (γύρω στο 1100/1050 π.Χ.) καταστρέφεται ο προϊστορικός οικισμός του Θέρμου και πάνω στα ερείπια του ιδρύεται ένας νέος οικισμός, από τον οποίο σήμερα είναι ορατά ελάχιστα κτηριακά κατάλοιπα. Το γνωστό Μέγαρο Β αποτελεί το μεγαλύτερο και επισημότερο κτήριο του νέου οικισμού της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου. Αποκαλύφθηκε ακριβώς κάτω από το ναό του Απόλλωνος Θερμίου και σε υψηλότερο επίπεδο από αυτό του Μεγάρου Α. Το κτήριο, διαστ. 21,40x7,30μ., έχει ερμηνευθεί ως αρχηγική έδρα, δηλ. έδρα του τοπικού άρχοντα, και χώρος κοινοτικών συναθροίσεων των μελών της κοινότητας.



Παλαιότερα είχε θεωρηθεί ότι έχει καμπύλους τοίχους και μορφή παρόμοια με εκείνη του Μεγάρου Α, ακολουθώντας την αρχιτεκτονική παράδοση των αψιδωτών κτηρίων του προϊστορικού οικισμού. Επίσης, είχε θεωρηθεί πρόδρομη μορφή του δωρικού περίπτερου ναού, καθώς οι πρώτοι ανασκαφείς είχαν συνδέσει με το κτήριο αυτό σειρά ακανόνιστων λίθινων πλακών που βρέθηκαν γύρω από αυτό και είχαν ερμηνευθεί ως βάσεις κιόνων ενός ελλειψοειδούς περιστυλίου. Η νεώτερη ανασκαφή από τον καθηγητή Ι.Α. Παπαποστόλου απέδειξε ότι το Μέγαρο Β κτίστηκε ως ένα κανονικό ορθογώνιο κτήριο και ότι η καμπυλότητα των τοίχων του οφείλεται στις νεώτερες επιχώσεις και σε φυσικά αίτια. Επιπλέον, ουδέποτε απέκτησε περίσταση κιόνων, αφού οι λίθινες πλάκες που βρέθηκαν γύρω από αυτό, βρίσκονται σε υψηλότερο επίπεδο και τοποθετήθηκαν μετά την καταστροφή του κτηρίου.



Η καταστροφή του Μεγάρου Β τοποθετείται στα τέλη του 9ου ή στις αρχές του 8ου αι. π.Χ. Την εποχή αυτή ιδρύεται πάνω στα ερείπιά του μία πήλινη εστία - βωμός τέφρας, όπου τελούνταν ολόκαυστες θυσίες σε στιγμές κυρίως εξωτερικού κινδύνου και κρίσεων, και μικρός ξυλόπλεκτος οίκος στο οπίσθιο δωμάτιο του Μεγάρου Β. Τα πρωιμότερα ίχνη λατρείας ανάγονται την εποχή αυτή και η λατρεία που θα ασκείτο είναι ασφαλώς υπαίθρια και σχετίζεται με κτιστούς βόθρους θυσιών που ανοίγονται μπροστά από το Μέγαρο Β και σε αυτούς ανατίθεντο σιδερένια κυρίως όπλα (αιχμές δοράτων, εγχειρίδια, μαχαίρια κ.α.), καθώς επίσης χάλκινα ειδώλια. Στις αρχές του 7ου αι. π.Χ. τοποθετούνται γύρω από την εστία των θυσιών οι δεκαοκτώ λίθινες ακανόνιστες πλάκες σε ελλειψοειδή διάταξη για τη στήριξη των στύλων του περιβόλου που όριζε το τέμενος της υπαίθριας λατρείας. Ο Θέρμος τότε φαίνεται ότι λειτουργούσε ως Ιερό του θεού Απόλλωνος, του θεού που στέλνει και αποτρέπει το κακό και προστατεύει τους νέους. Έχει αποδειχθεί επίσης ανασκαφικά με την εύρεση μεγάλου αριθμού χάλκινων σφηκωτήρων η άσκηση τελετών ενηλικίωσης των εφήβων, οι οποίοι αφιέρωναν την κόμη τους στον Απόλλωνα.



Το Μέγαρο Β ουδέποτε απέκτησε συγκεκριμένο λατρευτικό χώρο. Στο εσωτερικό του δεν έχουν ταυτιστεί στοιχεία που να αποδεικνύουν την άσκηση λατρείας. Την εποχή χρήσης του κτηρίου λατρευτικές πράξεις που σχετίζονται με την τέλεση θυσιών ή την προσφορά γευμάτων στους κατοίκους του οικισμού, προσφέρονταν από τον τοπικό άρχοντα, τον αρχηγό της έδρας, και ελάμβαναν χώρα στην ευρύχωρη πλακόστρωτη αυλή που έχει αποκαλυφθεί μπροστά από την είσοδο, στη νότια πλευρά του Μεγάρου Β. Στοιχείο λατρείας μπορεί να θεωρηθεί ακατέργαστος πεσσόμορφος λίθος, ο οποίος βρέθηκε στημένος σε στρώμα στάχτης στη θέση των παλαιότερων βόθρων θυσιών και έχει ερμηνευθεί από τον ανασκαφέα Ι. Α. Παπαποστόλου ως «ιερός λίθος».



Με την ίδρυση του οικισμού της Πρώιμης Εποχής του Σιδήρου συνδέεται η εμφάνιση μιας νέας κατηγορίας κεραμικής που σχετίζεται με τον βορειοδυτικό πολιτισμικό χώρο (Ήπειρος, Δυτική Μακεδονία). Τα αμαυρόχρωμα αγγεία της εποχής αυτής είναι χειροποίητα και το πιο συνηθισμένο σχήμα αγγείου αποτελεί το μόνωτο κύπελλο με στρογγυλό σώμα. Ομάδες κάθετων και λοξών γραμμών, κρόσσια που κρέμονται κάτω από οριζόντιες ταινίες, δικτυωτοί ρόμβοι και σπανιότερα φυτικά θέματα είναι τα συνήθη διακοσμητικά μοτίβα των αγγείων αυτής της κατηγορίας.