Οι Κατακόμβες είναι το υπόγειο νεκροταφείο των πρώτων χριστιανικών αιώνων στη Μήλο. Βρίσκονται στην πλαγιά λόφου, στα νοτιοδυτικά του οικισμού της Τρυπητής, στην ευρύτερη περιοχή της αρχαίας πόλης που τα ερείπιά της εκτείνονται μέχρι τον παραθαλάσσιο οικισμό Κλήμα. Στην περιοχή υπάρχουν και άλλα μικρότερα υπόγεια νεκροταφεία στον τύπο των Κατακομβών.

Οι Κατακόμβες ήταν γνωστές στους ντόπιους ως «Ελληνική Σπηλιά». Ήδη πριν τις επισκεφθεί ο Γερμανός αρχαιολόγος Ludwig Ross το 1844, είχαν υποστεί εκτεταμένες συλήσεις. Το 1878 τις επισκέφτηκε ο Γάλλος αρχαιολόγος Ch. Bayet και το 1907 ο Γεώργιος Λαμπάκης, ενώ το 1928 ερευνήθηκαν και μελετήθηκαν συστηματικά από τον Γεώργιο Σωτηρίου.

Πρόκειται για σύμπλεγμα ευρύχωρων αιθουσών και διαδρόμων λαξευμένων στο μαλακό πορώδη ηφαιστειακό βράχο (τόφφο), που συνδέονται με τεχνητούς διαδρόμους. Το σύμπλεγμα συμπληρώνει ένας οικογενειακός νεκρικός θάλαμος (cubiculum). Ο Γ. Σωτηρίου αρχικά είχε θεωρήσει ότι πρόκειται για τρεις ανεξάρτητες Κατακόμβες, την Α, Β και Γ που αποτελούνται από αίθουσες και διαδρόμους. Το συνολικό μήκος των στοών είναι περίπου 200μ., ενώ το πλάτος ποικίλλει από 1-5μ. και το ύψος από 1,6-2,5μ.Στα τοιχώματα έχουν λαξευτεί δύο τύποι τάφων, τα αρκοσόλια (τοξωτοί) και οι loculi (οριζόντιοι τάφοι) και στο δάπεδο έχουν λαξευτεί λακκοειδείς τάφοι.

Όλοι οι τάφοι καλύπτονταν με ανισομεγέθεις πλάκες. Μερικά αρκοσόλια σώζουν στη στεφάνη χρωματική διακόσμηση και φέρουν στο τύμπανο σπαράγματα επιγραφών ή κόγχη για την απόθεση κτερισμάτων και λυχναριών και σε μερικές περιπτώσεις για την ταφή βρεφών.

Η σημερινή είσοδος των Κατακομβών βρίσκεται στην αίθουσα της Κατακόμβης Β. Στη δεξιά πλευρά της αίθουσας σώζεται το μοναδικό ακέραιο διώροφο αρκοσόλιο και τα σπαράγματα της σημαντικής επιγραφής «των Πρεσβυτέρων», γραμμένης με κεφαλαία κόκκινα γράμματα σε ορθογώνιο γραπτό πλαίσιο (tabula ansata).Στο μέσον περίπου της αίθουσας έχει λαξευτεί μεμονωμένος υπέργειος τάφος σε σχήμα σαρκοφάγου, γνωστός ως «τάφος του μάρτυρα». Ο τάφος αυτός πιθανότατα χρησιμοποιήθηκε ως αγία Τράπεζα, καθώς πάνω από τον τάφο υπήρχε κιβώριο, ίχνη των κιονοκράνων του οποίου εντόπισε ο Γ. Σωτηρίου το 1928.

Στα δυτικά της Κατακόμβης Β, βρίσκεται η δεύτερη επισκέψιμη αίθουσα, της Κατακόμβης Α. Στη βόρεια πλευρά έχουν λαξευθεί αρκοσόλια κατά ζεύγη, που πιθανότατα πρόκειται για οικογενειακούς τάφους. Στο διάδρομο 1, που δεν είναι επισκέψιμος, σώζονται τα σπαράγματα δύο μεγαλογράμματων επιγραφών σε ορθογώνιο πλαίσιο («του Μήλωνος» και «του Θωμά»). Στα ανατολικά της Κατακόμβης Β βρίσκονται ένας οικογενειακός νεκρικός θάλαμος (cubiculum) και η Κατακόμβη Γ, που σήμερα δεν είναι επισκέψιμα. Το cubiculum φέρει στις πλευρές του τρία αρκοσόλια και ένα κτιστό τάφο. Το νότιο τμήμα της Κατακόμβης Γ έχει καταρρεύσει και οι δύο διάδρομοι επικοινωνούν μεταξύ τους με τεχνητό διάδρομο. Σε δύο αρκοσόλια του διαδρόμου2 σώζεται τμήμα παράστασης με άνθη και δύο πουλιά, καθώς και το χριστόγραμμα και τα αρ-χικά γράμματα Ω και Α.

Η ανασκαφική έρευνα που διενεργήθηκε τα έτη2007-2009 από τη 2η Ε.Β.Α., έφερε στο φως το νότιο τμήμα των αιθουσών της Κατακόμβης Α και Β σε μήκος περίπου 15μ. Η οροφή τους είχε σχεδόν εξ ολοκλήρου καταπέσει, διατηρούνται όμως τα τοιχώματά τους με εννέα αρκοσόλια και τέσσερα loculi. Οι δύο αίθουσες ενώνονταν μεταξύ τους με εγκάρσιο διάδρομο, γεγονός που ανατρέπει τη θεωρία του Σωτηρίου ότι πρόκειται για τρεις ανεξάρτητες Κατακόμβες. Πάνω από το νότιο σωζόμενο τμήμα της Κατακόμβης Β αποκαλύφθηκε ένα νέο μικρό cubiculum. Εκτός από τα αρκοσόλια αποκαλύφθηκαν δύο κτιστοί τάφοι, μία μαρμάρινη σαρκοφάγος και 33 λακκοειδείς τάφοι. Οι περισσότεροι τάφοι που ανασκάφθηκαν ήταν συλημένοι ή διαταραγμένοι. Καλύπτονταν με αδρά επεξεργασμένες ανισομεγέθεις πλάκες και αλλεπάλληλα στρώματα ασβεστοκονιαμάτων. Οι λακκοειδείς τάφοι είναι είτε απλοί είτε με δεύτερο θάλαμο που στεγάζεται με τόξο στον τύπο των αρκοσολίων. Σήμερα κανένας από τους λακκοειδείς δεν είναι ορατός, διότι καλύφθηκαν για λόγους προστασίας.

Ελάχιστοι τάφοι έδωσαν αξιόλογα κτερίσματα, όπως περίαπτα, ένα μετάλλινο δακτυλίδι, γυάλινα μυροδοχεία και γυάλινες χάντρες. Βρέθηκαν επίσης χάλκινα και σιδερένια καρφιά. Σε όλη την ανασκαφή βρέθηκαν λυχνάρια, ενώ ίχνη καύσης, όστρακα από αγγεία καθημερινής χρήσης (μαγειρικά σκεύη, οινοχόες, πινάκια), καθώς και οστά ζώων και ψαριών, δηλώνουν την τέλεση νεκρόδειπνων και άλλων τελετουργιών στη μνήμη των νεκρών.

Στα δυτικά της αίθουσας της Κατακόμβης Α αποκαλύφθηκε αίθουσα («αίθουσα Bayet») που φράχθηκε προσωρινά για λόγους προστασίας. Η αρχική είσοδος της αίθουσας βρίσκεται στα ΒΔ. Στα τοιχώματά της ανοίγονται εννέα αρκοσόλια και δύο cubicula.

Στα νότια, όπου τα τοιχώματα των αιθουσών της Κατακόμβης Α και της «Bayet» συγκλίνουν, ήρθαν στο φως ένας ημικυκλικός τοίχος και ένας ακέραιος αρράβδωτος κίονας in situ. Από τα στοιχεία αυτά συνάγεται ότι πρόκειται πιθανότατα για μία από τις αρχικές εισόδους των Κατακομβών.

Τα κινητά ευρήματα και τα κτερίσματα που ανευρέθηκαν μέχρι σήμερα, τοποθετούν χρονολογικά τη χρήση του νεκροταφείου από τα μέσα του 1ου μέχρι τον 6ο αι. μ.Χ.