Η ’πτερα ή ’πταρα των ιστορικών χρόνων εντοπίζεται στο ύψωμα «Παλιόκαστρο» , που δεσπόζει στα νοτιοανατολικά του κόλπου της Σούδας και είναι μία από τις σπουδαιότερες πόλεις – κράτη της Κρήτης. Η προϊστορική a-pa-ta-wa, γνωστή από κνωσιακές πινακίδες σε γραμμική Β γραφή, πιθανώς εντοπίζεται νοτιότερα, σε χαμηλό λόφο στην περιοχή Αζοϊρέ Στύλου.

Για την προέλευση του ονόματός της υπάρχουν πολλές δοξασίες με επικρατέστερη αυτή που θεωρεί ότι πρόκειται για επίθετο της Αρτέμιδος, προστάτιδας θεάς της πόλης. Κατά μία άλλη εκδοχή το όνομα οφείλεται στον βασιλιά των Δελφών Πτέρα ή Απτέρα. Ο Στέφανος Βυζάντιος πληροφορεί για τον μυθικό αγώνα μεταξύ Μουσών και Σειρήνων, κατά τον οποίο ηττήθηκαν οι Σειρήνες, πέταξαν τα φτερά τους (έμειναν άπτερες), έγιναν λευκές και έπεσαν στη θάλασσα.

Πολλοί αρχαίοι γεωγράφοι ή ιστορικοί αναφέρονται στη θέση της Απτέρας. Σύμφωνα με τον Στράβωνα και τον Πλίνιο, διέθετε δύο λιμένες, την Κίσαμο, η οποία γενικά τοποθετείται στην ευρύτερη περιοχή μεταξύ Καλαμιού και Καλυβών και τη Μινώα, που ταυτίζεται με το σημερινό Μαράθι. Η ταύτιση της θέσης της οφείλεται στον Pashley που περιηγήθηκε την περιοχή το 1834.

Η περίοδος της ακμής της πόλης ξεκινά από τους κλασικούς- ελληνιστικούς χρόνους, φάση κατά την οποία οργανώνονται τα ιερά της, εφοδιάζεται ο κεντρικός οικισμός με ισχυρή, περιμετρική οχύρωση μήκους 3.480μ. και κατασκευάζεται το θέατρο. Τον 4ο αι. π.Χ., κόβει το δικό της νόμισμα και μεταξύ 3ου και 2ου αι. π.Χ. αναπτύσσει σχέσεις με μεγάλα κέντρα της ελληνιστικής επικράτειας. Κατά τη Ρωμαϊκή εποχή (69 π.Χ. - 365 μ.Χ.) η πόλη γνωρίζει νέα ακμή, μάρτυρες της οποίας αποτελούν τα μεγάλα δημόσια κτήρια που σώζονται μέχρι σήμερα. Η κατοίκησή της συνεχίζεται έως τα βυζαντινά χρόνια (7ο αιώνα μ.Χ.), οπότε καταστρέφεται από ισχυρό σεισμό. Στην οριστική καταστροφή της συνέβαλαν επιδρομές Σαρακηνών πειρατών.

Στο χρονικό του Antonio Trivan, το 1182, αναφέρεται η ύπαρξη της Μονής του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου, η οποία λειτούργησε μέχρι το 1962. Οι χώροι της Μονής κατασκευάστηκαν σε κεντρικό σημείο της αρχαίας πόλης με δομικό υλικό από αρχαιότερα, δημόσια κτήρια. Το διώροφο – παλαιότερο κτήριο του μοναστηριακού συγκροτήματος, που διοικητικά υπαγόταν στην ομώνυμη Μονή της Πάτμου, χρονολογείται στις αρχές του 16ου αιώνα.

Οι πρώτες ανασκαφές στην περιοχή έγιναν την δεκαετία του 1860 από τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή, κατά τις οποίες ήρθε στο φως ο λεγόμενος «τοίχος των επιγραφών», ευμεγέθης δομή με τιμητικές και προξενικές επιγραφές του 3ου και 2ου αιώνα π.Χ.

Το 1942 οι γερμανικές δυνάμεις κατοχής ανέσκαψαν τον μικρό δίχωρο ναό, ενώ το 1958 ξεκίνησαν ανασκαφές από την Αρχαιολογική Υπηρεσία κυρίως με σωστικό χαρακτήρα, τις οποίες συνέχισε αργότερα η ΚΕ΄ ΕΠΚΑ. Από τα έτη 1985-1987 διενεργούνται και συστηματικές έρευνες στον οικισμό.

Η έρευνα, προστασία και ανάδειξη του χώρου ενισχύθηκε ιδιαίτερα από τα Περιφερειακά Ευρωπαϊκά Προγράμματα, κατά τη διάρκεια των οποίων πραγματοποιήθηκαν εκτεταμένες στηρίξεις και σωστικές παρεμβάσεις στην τοιχοποιία των δεξαμενών και των λουτρών (1999-2000 Β΄ΚΠΣ). Μεταξύ 2003- 2006 (Γ΄ ΚΠΣ), αναδείχθηκε μέρος της δυτικής οχύρωσης. Το μεγάλο έργο της αποκάλυψης, συντήρησης, αναστήλωσης και τελικά της ανάδειξης του αρχαίου θεάτρου υλοποιήθηκε από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Χανίων (πρώην ΚΕ΄ΕΠΚΑ) με την ένταξή του σε ευρωπαϊκά προγράμματα χρηματοδότησης (2008- 2015 Γ΄ ΚΠΣ-ΠΕΠ Κρήτης).