Η περιφραγμένη περιοχή που αναπτύσσεται γύρω από τον χώρο της πρώην μονής του Αγ. Ιωάννη του Θεολόγου συνιστά τον πυρήνα του αρχαιολογικού χώρου και περιλαμβάνει τον διμερή ναό του Απόλλωνα και της Αρτέμιδος, το θέατρο, τις ρωμαϊκές δεξαμενές, τα λουτρά και το λεγόμενο «Βουλευτήριο».

Ιδιαίτερα εντυπωσιακές λόγω του μεγέθους τους αλλά και της κατάστασης διατήρησής τους είναι δύο δεξαμενές νερού, που μαζί με τα δύο συγκροτήματα λουτρών βορειότερα, στα οποία εξασφάλιζαν την παροχή νερού, ήταν τα μεγαλύτερα δημόσια έργα που κατασκευάστηκαν κατά τους ελληνορωμαϊκούς χρόνους στην Άπτερα.

Η κατασκευή των δεξαμενών, με πιθανή ενσωμάτωση παλαιότερης μορφής, προσδιορίζεται στους ρωμαϊκούς χρόνους. Η μία δεξαμενή έχει εσωτερικές διαστάσεις 17?25μ. και χωρίζεται σε τρία κλίτη μέσω μεγάλων πεσσών, καθένα από τα οποία φέρει αψιδωτή οροφή. Η δεύτερη σε σχήμα Γ είχε όμοια οροφή που δεν διατηρείται. Η χωρητικότητά της τρίκλιτης δεξαμενής υπολογίζεται σε 2.900 μ3 και της δεξαμενής σε σχήμα Γ σε 3.050 μ3. Η ανασκαφή των σύγχρονών τους λουτρών δεν έχει ολοκληρωθεί αλλά έχουν στερεωθεί ορισμένοι από τους χώρους και των δύο που διατηρούνται σε πολύ μεγάλο ύψος. Σε αντίθεση με ό,τι συνηθιζόταν σε αντίστοιχα λουτρικά κτήρια, σε κανέναν από τους ανασκαμμένους χώρους δεν έχει βρεθεί ψηφιδωτό δάπεδο.

Το θέατρο της Απτέρας εντοπίζεται κοντά στη ΝΑ είσοδο της πόλης σε φυσική κοιλότητα του εδάφους και είναι στραμμένο προς το νότο με θέα τα Λευκά Όρη. Για την κατασκευή του χρησιμοποιήθηκε τοπικός απολιθωματοφόρος ασβεστόλιθος. Κατά τον 20ο αιώνα υπέστη μεγάλη καταστροφή κυρίως από τη λειτουργία ασβεστοκάμινου στο κέντρο του κοίλου, υλικό καύσης της οποίας αποτέλεσαν εδώλια και αρχιτεκτονικά μέλη. Μεταπολεμικά το θέατρο απογυμνώθηκε περισσότερο, όταν λιθόπλινθοί του χρησιμοποιήθηκαν σε υποδομές στο λιμάνι της Σούδας.

Στην κατασκευή του θεάτρου αναγνωρίζονται τρεις οικοδομικές φάσεις με την αρχαιότερη στους ελληνιστικούς χρόνους (3ος αιώνας π.Χ.). Κατά τη ρωμαϊκή περίοδο υπέστη ριζική μετασκευή προκειμένου να προσαρμοστεί στις νέες ανάγκες θέασης. Η τελική καταστροφή και η διακοπή της λειτουργίας του οφείλεται στον μεγάλο σεισμό του 365 μ.Χ.

Τα κύρια μέρη του θεάτρου, τα οποία είναι σήμερα ορατά, το κοίλο, η ορχήστρα και η σκηνή, χρονολογούνται στη Ρωμαϊκή εποχή. Το κοίλο, διαιρείται κάθετα με πέντε κλίμακες σε τέσσερις κερκίδες και οριζόντια, μέσω ενός διαδρόμου, του διαζώματος, σε άνω και κάτω κοίλο. Το κάτω τμήμα διαμορφώνεται κλιμακωτά για την εφαρμογή των εδωλίων, ενώ το άνω τμήμα (επιθέατρο) κατασκευάστηκε με τεχνητές επιχώσεις, τις οποίες συγκρατούσε ισχυρός περιμετρικός τοίχος. Στο χαμηλότερο μέρος του κοίλου εντοπίστηκε κτιστός ημικυκλικός αγωγός που εξυπηρετούσε την απορροή των όμβριων υδάτων σε περίπτωση βροχής.

Η ορχήστρα του θεάτρου της Απτέρας με ακτίνα 5,45μ., αποτελεί μια από τις μικρότερες ορχήστρες αρχαίου θεάτρου, στοιχείο που υποδηλώνει ότι προοριζόταν κυρίως για μουσικά και θεατρικά δρώμενα. Στο κέντρο της διατηρείται η κυκλική λίθινη βάση της θυμέλης, του βωμού του θεού Διονύσου.

Το οικοδόμημα της σκηνής, διατηρείται σε σχετικά χαμηλό ύψος και η διαμόρφωσή του προέκυψε κατά τις μετασκευές της ρωμαϊκής περιόδου. Οι πάροδοι κατά τη Ρωμαϊκή εποχή στεγάστηκαν με τόξα. Στη δυτική πάροδο αποκαλύφθηκε λιθόστρωτη οδός με αγωγό ομβρίων υδάτων δίπλα της.

Εντυπωσιακή για τη διατήρηση και για το μήκος της (συνολικά 55μ.), είναι η αρχαία λιθόστρωτη οδός που περιτρέχει την ανατολική πλευρά του θεάτρου και χρονολογείται στην ελληνιστική περίοδο.

Στα βόρεια του θεάτρου αποκαλύφθηκε επιμήκης βαθμιδωτή δομή, συνολικού μήκους 50μ. χρονολογούμενη στους ελληνιστικούς χρόνους. Οι διαστάσεις των βαθμίδων και οι αποστάσεις μεταξύ τους, καθώς και οι κλίμακες που παρεμβάλλονται δηλώνουν ότι πρόκειται για χώρο θέασης δημόσιων τελετουργικών δρώμενων. Ταυτοχρόνως είναι πιθανόν να εξυπηρετούσε και στατικούς σκοπούς συγκρατώντας τις επιχώσεις που σχημάτιζε το επιθέατρο.

Η ήπια διαμόρφωση του χώρου γύρω από το μνημείο και η οργάνωση των διαδρομών περιήγησης που πραγματοποιήθηκαν στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ, έγιναν με κριτήριο την αξιοποίηση της αρχαίας οδού που οδηγεί στο θέατρο και τη διατήρηση του αναγλύφου του εδάφους και της βλάστησης της περιοχής.

Δυτικά του θεάτρου ανασκάπτεται συστηματικά μεγάλης έκτασης οικία με περίστυλο αίθριο ελληνορωμαϊκών χρόνων.