Το ανάκτορο της Ζάκρου είναι το τέταρτο σε μέγεθοςτης Μινωικής Κρήτης. Βρισκόταν σε σημαντικό στρατηγικό σημείο, σε ασφαλισμένο κολπίσκο, και ήταν κέντρο εμπορικών ανταλλαγών με τις χώρες της Ανατολής, όπως φαίνεται από τα ευρήματα (χαυλιόδοντες ελέφαντα, φαγεντιανή, χαλκός κλπ).

Το ανάκτορο αποτέλεσε το κέντρο διοίκησης, θρησκείας και εμπορίου. Το περιστοίχιζε η πόλη. Στο χώρο δεν έγινε νέα οικοδόμηση, εκτός από κάποιες καλλιέργειες. Στο "Φαράγγι των Νεκρών", όπως λέγεται το Φαράγγι που φθάνει από την Πάνω Ζάκρο στην Κάτω, αποκαλύφθηκαν ταφές σε σπήλαια στις πλαγιές του. Τα ευρήματα της Ζάκρου εκτίθενται στο Μουσείο Ηρακλείου ενώ μερικά υπάρχουν στο Μουσείο Σητείας και Αγίου Νικολάου.

Το ανάκτορο της Ζάκρου έχει δύο κύριες οικοδομικές φάσεις: το παλαιότερο κτίσθηκε το 1900 π.Χ. περίπου, ενώ το νεώτερο γύρω στο 1600 π.Χ. και καταστράφηκε όπως και τα άλλα κέντρα της Μινωικής Κρήτης, στα 1450 π.Χ.