Η συνολική έκταση του ανακτόρου της Ζάκρου και των παραρτημάτων του ξεπερνά τα 8.000 τ.μ. και υπολογίζεται ότι στο χώρο αυτό υπήρχαν περίπου 300 διαμερίσματα - μαζί με τους ορόφους- διαφόρων χρήσεων. Το ανάκτορο ακολουθεί το βασικό σχέδιο των άλλων μινωικών ανακτόρων, με κύρια είσοδο στην ανατολική πλευρά του, ενώ δεύτερη κεντρική πύλη βρισκόταν στη ΒΑ πλευρά, όπου κατέληγε πλακόστρωτος δρόμος, προερχόμενος από το λιμάνι.

΄Ενας κλιμακωτός διάδρομος κατηφορίζει προς τη ΒΑ πύλη και προχωρεί ως την κεντρική αυλή, διαστάσεων 30Χ12 μ. Η αυλή συνιστά τον πυρήνα του όλου οικοδομήματος και τον χώρο όπου λάμβαναν χώρα θρησκευτικές τελετές. Η κεντρική αυλή περιβαλλόταν από μεγαλοπρεπείς προσόψεις και στοές με κίονες-πεσσούς που στήριζαν βεράντες και στη ΒΔ γωνία της υπήρχε κτιστός βωμός.

Η δυτική πτέρυγα, ο κατ' εξοχήν χώρος λατρείας στον οποίο υπήρχε είσοδος πλαισιωμένη από δύο μικρότερες, ήταν απέναντι από το βωμό. Υπήρχε προθάλαμος, αίθουσα και μία μεγάλη υπόστυλη αίθουσα "τελετουργιών" (12Χ10 μ.) με περίστυλο φωταγωγό και πολύθυρα, το ένα από τα οποία οδηγούσε σε "αίθουσα συμποσίων", όπως ονομάσθηκε εξαιτίας της εύρεσης αμφορέων και οινοχοών. Το δυτικό τμήμα της πτέρυγας καταλαμβάνεται από το Ιερό που αποτελείται από 11δωμάτια, μερικά από τα οποία είχαν θήκες ή κόγχες. Το κυρίως ιερό ήταν ένα μικρό δωμάτιο- που δεν ήταν προσιτό στο κοινό- με ψηλό πεζούλι για την απόθεση αντικειμένων. Δίπλα σε αυτό υπήρχε υπόγεια δεξαμενή καθαρμών, ενώ νότια υπάρχουν τρία βοηθητικά δωμάτια: ένα εργαστήριο λιθοξόου, μια αποθήκη και το θησαυροφυλάκιο -το μοναδικό του μινωικού κόσμου που βρέθηκε ασύλητο και έδωσε μια μεγάλη σειρά από αριστουργηματικά τελετουργικά σκεύη.

Πιο δυτικά ακόμη υπάρχει το αρχειοφυλάκειο, όπου πάνω σε πήλινα ράφια ήταν τοποθετημένα κιβωτίδια με τις πήλινες πινακίδες των αρχείων, με σημεία της Γραμμικής Α γραφής. Νότια, στους αποθέτες του Ιερού, σε λίθινα διαχωρίσματα φυλάσσονταν λατρευτικά αντικείμενα. Εξω από τη δυτική όψη, σε μεταγενέστερη οικοδομική φάση προστέθηκαν εργαστηριακοί χώροι.

Στηνανατολική πτέρυγα βρίσκονταν τα βασιλικά διαμερίσματα και το διοικητικό κέντρο: Το "διαμέρισμα της βασίλισσας" με πολύθυρα, το "διαμέρισμα του βασιλιά" - η μεγαλύτερη αίθουσα του ανακτόρου- ενώ από την κεντρική αυλή ένα πολύθυρο οδηγούσε στην "αίθουσα της δεξαμενής", στο κέντρο της οποίας υπήρχε δεξαμενή διαμέτρου 7μ., όπου ένα θωράκιο στήριζε μια σειρά από τουλάχιστον πέντε κίονες. ΄Αλλες δύο εγκαταστάσεις ενός φρέατος-κρήνης βρίσκονταν στην πτέρυγα αυτή.

Στη νότια πτέρυγα υπάρχει μικρό συγκρότημα εργαστηριών όπου παρασκευάζονταν αρώματα και μικροαντικείμενα από φαγεντιανή, ορεία κρύσταλλο κλπ. Στη βόρεια πτέρυγα υπάρχει μεγάλο κλιμακοστάσιο που οδηγεί στον πάνω όροφο, οι "αποθήκες των βασιλικών διαμερισμάτων", λουτρική εγκατάσταση και ένα μεγάλο δωμάτιο, προσιτό από διάδρομο, που ερμηνεύεται ως μαγειρείο και το οποίο εξυπηρετούσε αίθουσα συμποσίων στον πάνω όροφο.