Κτίσθηκε μεταξύ 19-11 π.Χ. από τις δωρεές του Ιουλίου Καίσαρα και του Αυγούστου. Επί αυτοκράτορος Αδριανού πλακοστρώθηκε η αυλή. Μετά την επιδρομή των Ερούλων (267 μ.Χ.) και τον περιορισμό της Αθήνας μέσα στο υστερορωμαϊκό τείχος, το διοικητικό και εμπορικό κέντρο της πόλης μεταφέρθηκε από την Αρχαία Αγορά στη Ρωμαϊκή Αγορά και στη Βιβλιοθήκη του Αδριανού.

Κατά την Βυζαντινή εποχή και την Τουρκοκρατία ο χώρος καταλήφθηκε από οικίες, εργαστήρια και εκκλησίες καθώς και το Φετιχιέ Τζαμί.

Συστηματικές ανασκαφές έγιναν από την Αρχαιολογική Εταιρεία, αφού προηγήθηκαν οι απαραίτητες απαλλοτριώσεις και κατεδαφίσεις οικιών και άλλων κτηρίων (1837-45, 1890-91, 1910, 1930-31), από τους Ιταλούς αρχαιολόγους (1940-42) από τους Αναστάσιο Ορλάνδο και Παύλο Λαζαρίδη (1963-64) και από την Α' Εφορεία Αρχαιοτήτων Ακροπόλεως (1955, 1965-66, 1968, 1984-85, 1989, 1991).