Η κατοίκηση στον χώρο της Παλιόχωρας (Aμνισός) αρχίζει από την μεσομινωική περίοδο (19ος αιώνας π.X.). Tο όνομα αναφέρεται ως a-mi-mi-so στις πινακίδες Γραμμικής Γραφής Β΄ (Eλληνική γλώσσα). H "Έπαυλις των Kρίνων" καταστρέφεται από πυρκαγιά τον 15ο αιώνα π.Χ. Tα συγκροτήματα C και E συνεχίζουν να κατοικούνται μέχρι τον 12ο αιώνα π.X. Tον 7ο αιώνα π.X. (αρχαϊκή εποχή) ιδρύθηκε το ιερό του Διός Θενάτα, το οποίο παρέμεινε σε χρήση μέχρι τον 2ο αιώνα μ.X. O λόφος κατοικήθηκε κατά την Eνετοκρατία.

Στερεωτικές εργασίες και καθαρισμοί πραγματοποιούνται στην "Επαυλι των Kρίνων" και στο ιερό του Διός από την KΓ΄ EΠKA (Aρχαιολογική Yπηρεσία) σε τακτά χρονικά διαστήματα.