Η ίδρυση του πρώτου οχυρού στο λόφο κατά τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους σχετίζεται πιθανότατα με τον υστερορωμαϊκό ~ παλαιοχριστιανικό οικισμό του Λαδοχωρίου, στο μυχό του κόλπου της Ηγουμενίτσας, στα βόρεια όρια του οποίου βρίσκεται.

Ο οικισμός του Λαδοχωρίου φαίνεται ότι εγκαταλείπεται μέχρι τα τέλη του 6ου αι. Παραμένει άγνωστο με ποια μορφή συνεχίστηκε η κατοίκηση στην περιοχή της σύγχρονης πόλης έως τα μέσα του 13ου αι., οπότε η Θεσπρωτία ενσωματώνεται στην επικράτεια του Δεσποτάτου της Ηπείρου.

Το 1294 τμήμα της Θεσπρωτίας, μαζί και η περιοχή της Ηγουμενίτσας, συμπεριλήφθηκε στην τεράστια προίκα που δόθηκε από τον Δεσπότη της Ηπείρου Νικηφόρο στη Θυγατέρα του Θάμαρ για το γάμο της με τον Πρίγκιπα Φίλιππο Ανδεγαυό του Τάραντα. Το 1361, όταν πλέον η Ήπειρος και το Δεσποτάτο κυριαρχούνται από τους Σέρβους του Στέφανου Δουσάν, μνημονεύεται ως Γουμενίτσα σε χρυσόβουλο του τότε Δεσπότη Συμεών Ούρεση Παλαιολόγου.

Από τον 15ο αι. και εξής, περίοδο κατά την οποία η Βενετία ελέγχει μία σειρά εμπορικών σταθμών σε όλο το μήκος της παράκτιας ζώνης της Ηπείρου, η Γουμενίτσα αναφέρεται ως βενετσιάνικος σταθμός και το λιμάνι της χρησιμοποιείται και πάλι ως αγκυροβόλιο και ασφαλές καταφύγιο πλοίων (Porto delle Gοmenizze). Το 1479, μετά το τέλος του πρώτου τουρκοενετικού πολέμου, περιέρχεται στην κυριαρχία των Οθωμανών μαζί με τις υπόλοιπες βενετικές κτήσεις στα παράλια της Ηπείρου. Ακολουθούν δύο ακόμη τουρκοενετικοί πόλεμοι, κατά τη διάρκεια των οποίων οι θέσεις αυτές αλλάζουν συνεχώς κατόχους έως το 1540, οπότε περνούν οριστικά στα χέρια των Οθωμανών.

Η Γουμενίτσα αποτέλεσε σταθμό των επιχειρήσεων του Ιερού Συνασπισμού των ευρωπαϊκών δυνάμεων κατά των Τούρκων, που κατέληξαν στη ναυμαχία της Ναυπάκτου το 1571. Έναν αιώνα αργότερα, το 1685, κατά τη διάρκεια του πέμπτου Τουρκοενετικού Πολέμου, ο βενετσιάνικος στόλος με επικεφαλής το ναύαρχο Μοροζίνι ανατίναξε το τούρκικο οχυρό, που είχε εν τω μεταξύ ανεγερθεί στη Γουμενίτσα, αφού πρώτα μετέφερε στην Κέρκυρα τα 12 κανόνια του.

Το 1798 ο Αλή Πασάς των Ιωαννίνων κατέλαβε την περιοχή της Γουμενίτσας και επιχείρησε να επισκευάσει το μισογκρεμισμένο οχυρό της. Για τον επόμενο αιώνα η Γουμενίτσα θα αποτελέσει ένα καλό αραξοβόλι για τα πλοία που διέσχιζαν το βόρειο Ιόνιο.