Η ελληνιστική, ρωμαϊκή και βυζαντινή Μαρώνεια βρίσκεται στους ΝΔ πρόποδες του Ισμάρου μέχρι την παραλία του ’γιου Χαράλαμπου. Η θέση της αρχαϊκής και κλασικής πόλης δεν είναι γνωστή. Η χώρα της Μαρώνειας εκτεινόταν στην περιφέρεια του ορεινού όγκου του Ισμάρου. Ο Ίσμαρος αναφέρεται στην ?δύσσεια ως η πόλη και η χώρα των Θρακικού φύλου των Κικόνων που προστατευόταν από τον Απόλλωνα, ο ιερέας του οποίου Μάρων κατοικούσε στο άλσος του Θεού.



Η σπηλιά ανάμεσα στους Προσκυνητές και τη Μαρώνεια έχει συνδεθεί με το γνωστό επεισόδιο της τύφλωσης του Πολυφήμου στην ?δύσσεια. Η κατοίκησή της αρχίζει στη Νεότερη Νεολιθική (περίπου 5300-3800 π.Χ.) και συνεχίζεται στην Ύστερη Εποχή Χαλκού (14ος-12ος αι. π.Χ.), και την Πρώιμη Εποχή Σιδήρου (11ος – 7ος αι. π.Χ.). Στα μεσαιωνικά χρόνια (τέλη του 12ου – αρχές 13ου αι.) η χρήση της σπηλιάς συνδέεται με κάποια έκτακτη ανάγκη. Ανάλογη ακολουθία με αυτή της σπηλιάς της Μαρώνειας εμφανίζουν μέχρι την Πρώιμη Εποχή Σιδήρου οι δυο σπηλιές κοντά στο σημερινό χωριό Στρύμη.



Η ισχυρή ακρόπολη του ’ι-Γιώργη ανατολικά της Μαρώνειας, που ταυτίστηκε με την πόλη των Κικόνων Ισμάρα ή Ίσμαρο, χρονολογείται στους 9ο και 8ο αι. π.Χ., ενώ ίδιας εποχής θεωρείται η οχύρωση που σώζεται στους πρόποδες του υψώματος, στο δυτικό σκέλος της οποίας ξεχωρίζει μια επιβλητική μεγαλιθική πύλη.



Η Μαρώνεια ιδρύθηκε από χιώτες αποίκους, στις νοτιοδυτικές πλαγιές του ΄Ισμαρου, στα μέσα του 7ου π.Χ. αιώνα και εξελίχθηκε σε κραταιά και πολυάνθρωπη πόλη-κράτος. Η παράδοση αναφέρει ως οικιστή της Μαρώνειας τον Μάρωνα, ιερέα του Απόλλωνα. Από τον Όμηρο είναι γνωστή η φιλοξενία και τα δώρα του Μάρωνα πρός τον Οδυσσέα όταν εκείνος βρέθηκε στη χώρα των Κικόνων. Η οχύρωση της κλασικής πόλης έχει μήκος 10 χιλιομέτρων και περιλαμβάνει μία έκταση 4.000 στρεμμάτων από την παραλία μέχρι την κορυφή του Ίσμαρου.



Τον 4ο αι. π.Χ. η Μαρώνεια, που είχε στενές σχέσεις με το βασίλειο των Οδρυσών, είχε αναλάβει το μεγαλύτερο τμήμα του εμπορίου στον χώρο της Θράκης. Προσαρτήθηκε στη Μακεδονία στα μέσα του 4ου αι. π.Χ., ενώ στη συνέχεια βρέθηκε κάτω από τον έλεγχο του Λυσιμάχου, των Σελευκιδών και των Πτολεμαίων. Το 167 π.Χ. η Ρώμη προχώρησε στη σύναψη συμμαχίας μαζί της. Οι επιγραφές που ήλθαν στο φως μας πληροφορούν για τους πολιτικούς θεσμούς και την προσωπογραφία της πόλης. Στα νομίσματά της εικονίζεται συνήθως το άλογο, η κεφαλή του Διονύσου, η άμπελος και το σταφύλι. Το κρασί της Μαρώνειας, ο ?σμαρικός ο?νος, ήταν ονομαστό στην αρχαιότητα.