Μία από τις τρεις αρχαίες πόλεις της Αμοργού βρίσκεται επάνω από το λιμάνι των Καταπόλων, στην νότια πλαγιά του βουνώδους λόφου. Τα ερείπια της αρχαίας πόλης, όπως και των άλλων πόλεων της Αμοργού, αναγνώρισε το 1837 ο Λ. Ρωs (L. Ros), ο οποίος, όχι μόνον περιέγραψε αναλυτικά όλα τα, τότε καλύτερα, σωζόμενα οικοδομήματα, αλλά ταύτισε και μερικά από τα αναφερόμενα στις επιγραφές, όπως το θέατρο. Τα ευρήματα από τις πρώτες "ανασκαφές" της Γαλλικής Αρχαιολογικής Σχολής Αθηνών το 1888, κυρίως οι επιγραφές, -τα περισσότερα σήμερα στο Μουσείο Σύρου- προσέθεσαν νέες πληροφορίες για την ιστορία της πόλεως από τους Ελληνιστικούς χρόνους (από τον 3ο αιώνα π.Χ.) έως την Ρωμαϊκή περίοδο (τον 3ο αιώνα μ.Χ.).

Οι συστηματικές όμως, επιφανειακές και ανασκαφικές έρευνες άρχισαν το 1981 από την Λίλα Μαραγκού, καθηγήτρια του Πανεπιστημίου Iωαννίνων, υπό την αιγίδα της εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας. Τα κτιριακά λείψανα και τα πάμπολλα κινητά ευρήματα άλλαξαν ριζικά την εικόνα που συνάγεται από τις πληροφορίες των επιγραφών. Έτσι, από το 1985 διαπιστώθηκε ότι η παλαιότερη κατοίκηση στην Μινώα ανάγεται στην Ύστερη Νεολιθική περίοδο, την 4η π.Χ. χιλιετία. Τα κινητά ευρήματα, χειροποίητη κεραμική, πήλινα ειδώλια και αιχμές βελών οψιανού από την κορυφή του λόφου (υψ. 255μ. από την θάλασσα) και από τα σπήλαια στην βόρεια κλιτύ, αποτελούν αψευδείς μαρτυρίες για την παλαιότερη εγκατάσταση στην 4η π.Χ. χιλιετία.

Γιά την συνέχιση της ζωής και στην νότια πλαγιά του λόφου κατά την Πρώϊμη Εποχή του Χαλκού, την 3η π.Χ. χιλιετία, μαρτυρούν τα θραύσματα μαρμάρινων Κυκλαδικών ειδωλίων, πήλινων αγγείων και οψιανών, που βρέθηκαν διάσπαρτα κάτω από τα ερείπια των μεταγενεστέρων κτισμάτων των Ιστορικών χρόνων. Στην 2η π.Χ. χιλιετία, κατά την Μέση και Ύστερη Εποχή του Χαλκού, φαίνεται, πως, για άγνωστους ακόμα λόγους, δεν συνεχίστηκε η ζωή στον βουνώδη λόφο, αλλά μετατοπίστηκε στην περιοχή του λιμένος, κοντά στην βόρεια ακτή, στo Ξυλοκερατίδι, όπου έχουν εντοπιστεί σημαντικά λείψανα του Μυκηναϊκού πολιτισμού.

Στους πρώϊμους Ιστορικούς χρόνους ανάγεται ο πρώτος οικιστικός πυρήνας της πόλεως της Μινώας. Τα πρόσφατα αρχαιολογικά δεδομένα κατέδειξαν ότι εντοπίζεται στα χαμηλότερα άνδηρα της νότιας πλαγιάς του λόφου, στην ίδια θέση που είχαν εγκατασταθή, σύμφωνα με την γραπτή παράδοση, γύρω στον 11ο π.Χ. αιώνα, οι Ίωνες άποικοι. Έκτοτε, συνεχής κατοίκηση στην ίδια θέση, φαίνεται, ότι δεν επέτρεψε την διάσωση εκτεταμένων οικοδομικών λειψάνων των λεγόμενων Πρωτο-Γεωμετρικών χρόνων (11ος - 10ος π.Χ. αιώνας), ενώ πολυάριθμα είναι τα κινητά ευρήματα, κυρίως κεραμική. Στην περίοδο αυτήν χρονολογείται ο τοίχος του περίβολου με την θυσία θεμελίων, που περικλείει τον πρώτο λατρευτικό χώρο, εκεί, όπου, στους Ελληνστικούς χρόνους, τον 3ο π.Χ. αιώνα, κτίστηκε ο μαρμάρινος ναός.

Σε μικρή απόσταση από τον λατρευτικό χώρο βρέθηκαν πάμπολλα, ποικίλων ειδών αντικείμενα και αποκαλύφθηκαν σημαντικά κτιριακά λείψανα χρονολογούμενα στην πρώϊμη και μέση Γεωμετρική περίοδο, στον 9ο και 8ο π.Χ. αιώνα. Ξεχωριστή θέση μεταξύ των κτιριακών καταλοίπων έχει ο ταφικός περίβολος.