Στό τέλος της Γεωμετρικής περιόδου, περίπου στον ύστερο 8ο π.Χ. αιώνα, ο οικισμός, για άγνωστους ακόμα λόγους, τειχίζεται, στα σημεία όπου δεν είναι φυσικά οχυρωμένος, όπως στην Ανατολική κλιτύ και στα κατώτερα άνδηρα, στην "Κάτω πόλη". Το τείχος με τους πύργους-προμαχώνες προσδίδει στον οικισμό την μορφή οχυρωμένης πόλης. Πρόκειται για έναν από τους καλύτερα σωζόμενους τειχισμένους οικισμούς των προκλασσικών χρόνων στον γεωγραφικό χώρο των Κυκλάδων.

Στην φυσική Ακρόπολη, στην μοναδική προσπελάσιμη ανατολική πλαγιά, το τείχος σώζεται σε μήκος 40μ. και ύψος 3,20μ., με την πυλίδα και τον ορθογώνιο πύργο στην ΒΑ απόληξη. Λίγα μέτρα από την πυλίδα, στην κορυφή του βουνώδους λόφου, βρίσκεται το Ιερό. Ισχυρός αναλημματικός καμπυλόγραμμος τοίχος περικλείει το λατρευτικό κτιριακό συγκρότημα, που αποτελείται από ένα ορθογώνιο τραπεζιόσχημο "οίκο" με κτιστό θρανίο για τα αναθήματα, έναν "πρόδομο" με λίθινη τράπεζα προσφορών στα ανατολικά, και δύο πλευρικά διαμερίσματα στην βόρεια πλευρά.

Όπως διαπιστώνεται από τα κινητά ευρήματα, η ζωή του ιερού διαρκεί τουλάχιστον χίλια χρόνια,από τον ύστερο 8ο π.Χ. αιώνα έως και τον 3ο-4ο μ.Χ. αιώνα. Η ταύτιση της λατρευόμενης θεότητας έως τους αρχαϊκούς χρόνους, τον 6ο π.Χ. αιώνα, είναι προβληματική. Το είδος των ευρημάτων και θραύσμα ενεπίγραφου αγγείου του 4ου π.Χ. αιώνα με το όνομα του Διονύσου, καθώς και ο χαρακτήρας των λατρευτικών πράξεων, στηρίζουν την ταύτιση της λατρευόμενης θεότητας με τον Διόνυσο έως και τους όψιμους ελληνιστικούς χρόνους. Τότε, σύμφωνα με την μαρτυρία των ευρημάτων, κυρίως λύχνων, ο Διόνυσος εξομοιώνεται με τον αιγυπτιακής προέλευσης Σάραπι, ο οποίος λατρεύεται έως και τον πρώϊμο 4ο μ.Χ. αιώνα.

Από την Αρχαϊκή περίοδο (650-480 π.Χ.) και τους Κλασσικούς χρόνους (480-330 π.Χ.), μολονότι τα πολυάριθμα κινητά ευρήματα και οι επιγραφές αποτελούν αψευδείς μαρτυρίες για την συνέχιση της ζωής στην πόλη της Μινώας, ελάχιστα οικοδομικά λείψανα έχουν έως τώρα αποκαλυφθή. Ευάριθμα όμως είναι τα έως το 1991 αποκαλυφθέντα στην Κάτω Πόλη κτιριακά κατάλοιπα, κυρίως δημόσια οικοδομήματα των Ελληνιστικών χρόνων (330-31 π.Χ.) και της Ρωμαιοκρατίας (31 π.Χ. - πρώϊμος 4ος μ.Χ. αιώνας). Στους πρώϊμους Ελληνιστικούς χρόνους, στον όψιμο 4ο π.Χ. αιώνα, χρονολογείται η διαμόρφωση της μνημειακής μαρμάρινης πύλης, με τις λιθόκτιστες παραστάδες, το μονόλιθο κατώφλι και τον λίθινο διπλό αγωγό.

Η πύλη βρίσκεται στην Βόρεια απόληξη του οχυρωματικού πύργου, και σε επαφή με τον τοίχο του ταφικού περιβόλου. Εσωτερικά της πύλης, Β από το κατώφλι βρίσκεται η λαξευμένη στον φυσικό βράχο κλίμαξ, που οδηγεί στα ανώτερα άνδηρα της πόλεως, στον λατρευτικό χώρο και στο ΒΔ εργαστηριακό συγκρότημα. Στον λατρευτικό χώρο δεσπόζει ο μαρμάρινος Ναός με το λατρευτικό άγαλμα στον σηκό. Η ακέφαλη ενδεδυμένη ανδρική μορφή πιθανώς εικονίζει τον Απόλλωνα. Βορειοδυτικά από τον ναό, σε υψηλότερο άνδηρο βρίσκεται το Εργαστήριο Κεραμικής με τον κλίβανο και το φρέαρ, λαξευμένα στον φυσικό βράχο.

Στην πρώιμη Ελληνιστική περίοδο, στο τέλος του 4ου π.Χ. αιώνα, χρονολογείται και το Γυμνάσιο, γνωστό από τις επιγραφές. Μολονότι δεν έχει ολοκληρωθή η ανασκαφή, το οικοδόμημα του Γυμνασίου, με τον άριστης διατήρησης οικίσκο του αποχωρητηρίου, έχει μνημειακό χαρακτήρα.

Από τα χρόνια της Ρωμαιοκρατίας, όταν η Αμοργός συγκαταλέγεται στις "φυγάδες νήσους", στους τόπους εξορίας Ρωμαίων πολιτικών, η ζωή σταδιακά μετατοπίζεται στον λιμένα και, μετά από την επικράτηση του Χριστιανισμού, τον 4ο μ.Χ. αιώνα, η πόλις της Μινώας εγκαταλείπεται οριστικά.