Για την ζωή στον λιμένα κατά τους Ιστορικούς χρόνους, από την Πρωτογεωμετρική περίοδο, 1100 π.Χ. περίπου έως και την Ρωμαιοκρατία, τον πρώϊμο 1ο μ.Χ. αιώνα, οι περισσότερες μαρτυρίες προέρχονται από επιφανειακά και τυχαία ευρήματα. Στους Ρωμαϊκούς χρόνους χρονολογούνται τα «Θολάρια›, οι μνημειακοί καμαροσκεπείς και τοιχογραφημένοι τάφοι που σώζονται στην βόρεια κλιτύ του βουνώδους λόφου της Μινώας (σήμερα, σταύλοι αιγοπροβάτων). Διάσπαρτα σε αγρούς και κάτω από νεώτερα κτίσματα στα Κατάπολα, βρίσκονται οικοδομικά λείψανα, αρχιτεκτονικά μέλη, τμήματα ψηφιδωτών, επιγραφές, κ.ά.

Περισσότερα είναι τα κτιριακά κατάλοιπα και τα οικοδομικά μέλη από την Παλαιοχριστιανική περίοδο (4ος-6ος μ.Χ. αιώνας), όπως τα βυθισμένα στην θάλασσα θεμέλια στο Κατ' Ακρωτήρι, κοντά στην Παναγίτσα, και τα εντοιχισμένα οικοδομικά μέλη στην Παναγιά την Καταπολιανή. Εδώ, κάτω από το νεώτερο εκκλησάκι, βρίσκονται τα λείψανα μνημειακής Βασιλικής κτισμένης επάνω σε αρχαίο Ιερό του Απόλλωνος. Εύγλωττες, ορατές μαρτυρίες για τις οικοδομικές μεταποιήσεις αποτελούν και τα διάσπαρτα αρχιτεκτονικά μέλη, κίονες, στρεπτοί ή αρράβδωτοι, κιονόκρανα, επίκρανα παραστάδων, ενεπίγραφες βάσεις τιμητικών ανδριάντων, κτλ.

Την μνήμη των Πρώϊμων Βυζαντινών χρόνων κρατούν πάντα ζωντανή μερικά μικρά εξωκκλήσια, κτισμένα μακράν του λιμένος, μή ορατά από τους παραπλέοντες το νησί. Ιδιαιτέρως πολυσήμαντο είναι το μονόχωρο, κατάγραφο εκκλησάκι του Ευαγγελισμού. Βρίσκεται σε μικρή απόσταση, ΒΑ από τους Μυκηναϊκούς τάφους, στην θέση Σωτήρα. Κάτω από τους νεώτερους ασβεστωμένους σοβάδες αποκαλύφθηκαν, χάρις στην πρωτοβουλία και στην χρηματοδότηση του φιλόπατρη, τέως Λυκειάρχη Αμοργού, Μιχαήλ Μωραϊτάκη, τοιχογραφίες του 8ου αιώνα, των χρόνων της Εικονομαχίας.

Οι αναταραχές στην Μεσόγειο από τον 7ο έως και τον 9ο μ.Χ. αιώνα, οδήγησαν στην εγκατάλειψη των παράλιων οικισμών και στην μετεγκατάσταση των κατοίκων στην Ενδοχώρα. Στόν πρώϊμο 19ο αιώνα, μετά από την απελευθέρωση, ο οικισμός στο λιμάνι των Καταπόλων αναβιώνει και τις τελευταίες δεκαετίες ο πληθυσμός του αυξάνεται συνεχώς.