Η ελληνιστική πόλη των Πετρών Αμυνταίου βρίσκεται ΒΑ του νομού Φλώρινας σε μικρή απόσταση από την ομώνυμη λίμνη των Πετρών σε άμεση οπτική επαφή με αυτήν. Κτισμένη σε λόφο με υψόμετρο που φτάνει 720 μ. από την επιφάνεια της θάλασσας και περιτριγυρισμένη από ορεινούς όγκους ελέγχει τον κάμπο που απλωνόταν μπροστά της.

Η πόλη βρισκόταν στην αρχαιότητα στα όρια του αρχαίου διαμερίσματος της Εορδαίας στα σύνορα με την Λυγκηστίδα, δηλαδή στα όρια ’νω και Κάτω Μακεδονίας. Η πρώτη κατοίκηση του λόφου εντοπίζεται από την εποχή του σιδήρου. Η επόμενη φάση στα κλασικά χρόνια, ενώ παρατηρείται συνεχής κατοίκηση του χώρου από τον 4ο ως τον 1ο αι. π.Χ. Ο Φίλιππος Β΄ πιθανότατα ίδρυσε την πόλη με σκοπό των έλεγχο των συνόρων και την ενοποίηση των τοπικών φυλετικών ομάδων. Η περίοδος μετά τα μέσα του 2ου αι. π.Χ. συμπίπτει με την ακμή της πόλης, γεγονός που σχετίζεται με τη διέλευση της Εγνατίας οδού από την περιοχή.

Η κατασκευή της Εγνατίας οδού 130-120 π.Χ. από τον ανθύπατο Γ. Εγνάτιο, η οποία συνέδεε τη δύση με την ανατολή, ξεκινούσε από τη Ρώμη, έφθανε Δυρράχιο και από εκεί Βυζάντιο, βοήθησε ώστε να αναπτυχθούν οικονομικά πολλές περιοχές από τις οποίες διερχόταν, ανάμεσα σε αυτές ήταν και περιοχές της ’νω και Κάτω Μακεδονίας, όπως ο οικισμός των Πετρών που γνωρίζει ιδιαίτερη άνθηση αυτήν την περίοδο.

Η καταστροφή της πόλης προσδιορίστηκε στα μέσα του 1ου αι. π.Χ. σύμφωνα με θησαυρό 125 ασημένιων δηναρίων φυλαγμένο σε ένα αγγείο. Κατά τη διάρκεια του ρωμαϊκού εμφυλίου πολέμου μεταξύ Καίσαρα και Πομπήιου (48 π.Χ.), στο έδαφος της Δυτικής Μακεδονίας διεξήχθησαν στρατιωτικές επιχειρήσεις και συγκρούσεις των δυο αντίπαλων στρατευμάτων με αποτέλεσμα οικισμοί της περιοχής να υποστούν απώλειες και καταστροφές. Μέσα σε αυτό το ιστορικό πλαίσιο εντάσσεται και η καταστροφή του οικισμού των Πετρών Αμυνταίου.

Ο χώρος ήταν γνωστός ήδη από το 1913 από επιγραφές που ήταν εντοιχισμένες στην εκκλησία του χωριού των Πετρών, τον Αγ. Νικόλαο. Είκοσι χρόνια αργότερα πραγματοποιήθηκε μικρή ανασκαφική έρευνα κατά την οποία εντοπίστηκαν θεμέλια οικιών, ενώ από το 1982 ως σήμερα γίνονται συστηματικές ανασκαφικές έρευνες από την ΕΦ.Α Φλώρινας. Στόχος της ανασκαφής ήταν η αποκάλυψη των δημόσιων και ιδιωτικών κτιρίων του οικισμού και αναπτύχθηκε σε τρεις τομείς 1) στο νότιο πλάτωμα 2) στη συνοικία της κρήνης 3) στην ακρόπολη στο ανώτατο υψίπεδο του λόφου. Ακολούθησε συντήρηση και ανάδειξη του αρχαιολογικού χώρου που υλοποιήθηκε στα πλαίσια του του Γ ΄ ΚΠΣ ΠΕΠ Δυτικής Μακεδονίας και του ΕΣΠΑ Δυτικής Μακεδονίας (2011-2015), ώστε ο χώρος να είναι επισκέψιμος και προσβάσιμος στο κοινό.