Στο Ιερό της Φωκικής Υαμπόλεως τελούνταν κάθε χρόνο λαμπρές γιορτές σε ανάμνηση της μεγάλης φωκικής νίκης επί των Θεσσαλών (560 π.Χ., Πρώτος Ιερός Πόλεμος).

Επάνω από ιερό μυκηναϊκής εποχής (Υστεροελλαδική Εποχή ΙΙΙ Γ, 15ος αι. π.Χ.) διαμορφώθηκε ένα σημαντικό ιερό της Γεωμετρικής Περιόδου με δύο ναούς, έναν τουλάχιστο βωμό και μια πλατεία λατρευτικών εκδηλώσεων εμπρός από τα δύο οικοδομήματα (μέσα 9ου - αρχές 7ου αι. π.Χ.). Τα θεμέλια των παλαιότερων ναών χρονολογούνται στον 7ο αι. π.Χ. Μόνο η πρόσοψή τους ήταν μνημειωδέστερη με λίθινα κατώφλια και παραστάδες, καθώς και δύο κίονες για το μεγαλύτερο ναό και τετράστυλο προστώο για τον μικρότερο. Ο τελευταίος είναι ένας από τους πρώτους γνωστούς πρόστυλους ναούς της Ελλάδας. Μετά από μία πυρκαγιά κατασκευάστηκαν, πρίν τα μέσα του 6ου αι. π.Χ. επάνω από έναν πρώιμο αρχαϊκό ναό, δύο δωρικοί περίπτεροι ναοί. Έχουν διασωθεί σχεδόν πλήρως τα θεμέλια του μικρότερου ναού. Οι δύο ναοί καταστράφηκαν από πυρκαγιά κατά τη διάρκεια της περσικής εισβολής το 480 π.Χ. Στα ερείπια του βόρειου ναού δημιουργήθηκε ένα προσωρινό ιερό για να εξασφαλισθεί η συνέχεια της λατρείας. Επάνω από το βωμό-εστία υψώθηκε ένας λόφος πηλού, ως προσωρινός βωμός σε επαφή με έναν ορθοστάτη, ο οποίος λειτουργούσε ως τράπεζα προσφορών. Αυτή η τράπεζα με ένα προσωρινό άγαλμα του Απόλλωνος, μια προτομή (πιθανώς λατρευτικού χαρακτήρα), διάφορες προσφορές και εργαλεία θυσίας αφέθηκε, ως είχε, μετά την τελευταία θυσία, όταν επιχώθηκε κάτω από το δάπεδο του κλασικού ναού.

Την κλασική εποχή ξανακτίσθηκε μόνο ο βόρειος ναός. Στην θέση του νότιου ναού παρέμεινε μόνο ένας ανοικτός λατρευτικός χώρος. Το χειμώνα του 427/6 π.Χ. ο ναός υπέστη τόσες μεγάλες καταστροφές, εξαιτίας ενός ισχυρού σεισμού, ώστε έπρεπε να ξανακτισθεί. Η επανοικοδόμησή του έγινε σύμφωνα με ένα νέο, σύγχρονο σχέδιο, το οποίο προδίδει επιρροές από τον Παρθενώνα και τον ναό του Απόλλωνος στις Βάσσες της Φιγαλείας. Η κατασκευή του ναού περατώθηκε το 400 π.Χ. Είναι άγνωστος ο χρόνος της καταστροφής του.

Ο Παυσανίας αναφέρει ότι ο ναός άνοιγε μόνο δύο φορές το χρόνο, για τα Ελαφηβόλια και πιθανώς επίσης για τα Καισάρεια. Το ιερό λειτουργούσε με μεγάλη ακτινοβολία και στις γιορτές μετείχαν και Ρωμαίοι αυτοκράτορες. Στο χώρο του ιερού λατρεύονταν και οι αιγυπτιακές θεότητες της 'Ισιδος, του Όσιρη και του ’νουβη. Οι τελευταίες σχετικές μαρτυρίες είναι αναθηματικές επιγραφές του 3ου μ.Χ. Το ιερό εγκαταλείφθηκε πιθανώς στα χρόνια του Θεοδοσίου Α΄ (β΄ μισό του 4ου αιώνα μ.Χ.). Λεηλατήθηκε και καταστράφηκε από τους φανατισμένους Γότθους του Αλάριχου και την επικράτηση του Χριστιανισμού.