Η σημερινή πόλη του Αχινού είναι κτισμένη στα ερείπια του αρχαίου Εχίνου ή Εχινούντος. Η προνομιακή θέση της, σε ένα ύψωμα στους πρόποδες της Όθρυος, σε μικρή απόσταση από τις βόρεις ακτές του Μαλιακού κόλπου, συνέβαλε στη συνεχή κατοίκησή του από τους προϊστορικούς χρόνους μέχρι σήμερα.

Οι αρχαιότερες γραπτές μαρτυρίες για την πόλη ανάγονται στον 5ο αι. π.Χ. Κατά τον Δημοσθένη, ο Εχίνος ιδρύθηκε από τους Θηβαίους την περίοδο της θηβαϊκής ηγεμονίας, στην πραγματικότητα όμως θα πρέπει να επεκτάθηκε ο οικισμός, ο οποίος υπήρχε από το 5ο αι. π.Χ. Ενδεικτική για τη σημασία της πόλης στη διάρκεια του 4ου αι. π.Χ. είναι η ισότιμη συμμετοχή της στο αμφικτυονικό συνέδριο των Δελφών με δύο ιερομνήμονες. Όταν ο Φίλιππος επενέβει στα πράγματα της νοτίου Ελλάδος, αναγνωρίζοντας τη στρατηγική σημασία της πόλης, την απέσπασε από τους Αχαιούς Φθιώτες και την παραχώρησε στους Μαλιείς, ώστε να διευκολύνει τη διέλευσή του από τις Θερμοπύλες. Τον 3ο αι. π.Χ. εντάσσεται, όπως και όλη η νότιος Θεσσαλία, στο κοινό των Αιτωλών και περί τα μέσα του 2ου αι. π.Χ. καταλαμβάνεται από τους Ρωμαίους.

Τα αρχαιότερα ίχνη κατοίκησης στην περιοχή του Αχινού ανάγονται στη Μέση Εποχή του Χαλκού.Το πρώτο ανασκαφικά τεκμηριωμένο εύρημα μυκηναϊκών χρόνων είναι ένας κιβωτιόσχημος τάφος, που περιείχε αγγεία της Υστεροελλαδικής ΕΙΙΒ περιόδου.

Οσον αφορά τους ιστορικούς χρόνους σώζεται ορατό τμήμα του αρχαίου τείχους της ακρόπολης και της κάτω πόλης. Η οχύρωση χρονολογείται στον 4ο αι. π.Χ., ενώ έχουν γίνει μετασκευές στην εποχή του Ιουστινιανού. Το Κλασικό-Ελληνιστικό νεκροταφείο (4ος έως 1ος αι. π.Χ.) ανασκάπτεται από την Εφορεία στα πλαίσια των σωστικών ανασκαφών της περιοχής.