Αρχαία βοιωτική πόλη, της οποίας διατηρούνται τα ερείπια στο σημερινό Μούλκι, στην Κωπαϊδα, πλησίον του ποταμού Μέλα (Ομ. Ιλ. Β 503). Η πόλη ιδρύθηκε κατά τα μυκηναϊκά χρόνια. Σύμφωνα με την παράδοση εδώ ετάφη ο Ραδάμανθυς γιος του Δία και της Ευρώπης και αδερφός του Μίνωα που είχε έρθει από την Κρήτη. Αφού νυμφεύτηκε την Αλκμήνη, χήρα του Αμφιτρίωνα και μητέρα του ήρωα Ηρακλή βασίλεψε στη Βοιωτία. Στην Αλίαρτο επίσης ετάφησαν η Αλκμήνη και ο μάντης Τειρεσίας.

Η ζωή της πόλης ξεκινά πριν από τη μυκηναϊκή περίοδο. Ήταν από τις πρώτες πόλεις που έκοψε αργυρά νομίσματα με τη βοιωτική ασπίδα ως εμπροσθότυπο, το έμβλημα του Βοιωτικού Κοινού, στα υστεροαρχαϊκά χρόνια. Την ιστορική πόλη κατέστρεψε ο Ξέρξης στα 480 π.Χ., επικεφαλής των Περσών επειδή συμμάχησε με τους Έλληνες, αλλά αποκαταστάθηκε εκ νέου μετά από σύντομο διάστημα (Θουκ. Δ, 95). Στη διάρκεια του Κορινθιακού πολέμου (395 π.Χ.) οι πηγές αναφέρουν ότι ο Λύσανδρος με τον σπαρτιατικό στρατό πολιόρκησε την πόλη και σκοτώθηκε έξω από τα τείχη της (Ξεν. Ελλ. Γ, 5, 16. - Πλουτ. Λυσ. XH).

Στον Γ΄ Μακεδονικό πόλεμο η Αλίαρτος πολέμησε στο πλευρό του βασιλιά Περσέα εναντίον της Ρώμης. Για το λόγο αυτό την κατέστρεψε εκ θεμελίων ο πραίτορας Λουκρήτιος το 171 π.Χ., ενώ 2500 κάτοικοι της πουλήθηκαν σκλάβοι. Η πόλη παραχωρήθηκε από τους Ρωμαίους στην Αθήνα. Οι εύφοροι αγροί της παραδόθηκαν στους Αθηναίους, στους οποίους επέβαλαν επιμελητές (T. Liv. XLII, 63). Δεν ανοικοδομήθηκε ποτέ ξανά.

Ανασκαφές πραγματοποιήθηκαν στην περιοχή από τη Βρεττανική Αρχαιολογική Σχολή της Αθήνας και οδήγησαν στην αποκάλυψη ναού της Αθηνάς.