Η ακρόπολη της αρχαίας Αλιάρτου βρίσκεται σε χαμηλό λόφο μεταξύ της σιδηροδρομικής γραμμής και του δημόσιου δρόμου Θηβών-Λιβαδειάς, πολύ κοντά στο σημερινό χωριό Αλίαρτος και τον ομώνυμο σιδηροδρομικό σταθμό. Η μυκηναϊκή ακρόπολη (έκτασης 250 x 150 μ.) τοποθετείται στη ψηλότερη κορυφή του λόφου. Τμήμα της σώζεται σε καλύτερη κατάσταση στα νότια και δυτικά.

Στη δυτική πλευρά του λόφου σώζεται νεότερη οικοδομική φάση της οχύρωσης, του 7ου αι. π.Χ., από μεγάλους ορθογώνιους λίθους, τοποθετημένους κατά δόμους. Στα νότια και νοτιοανατολικά σώζονται τα λείψανα δύο πύργων, κτισμένων με πολυγωνικό σύστημα τοιχοποιίας, του τέλους του 6ου ή των αρχών του 5ου αι. π.Χ. Ένα τέταρτο σύστημα τοιχοποιίας σώζεται σε επίπεδο θεμελίωσης στα νοτιοδυτικά. Στα δυτικά, 100 περίπου μέτρα από τη βορειοδυτική γωνία, υπήρχε είσοδος πλάτους 3,50 μ., κτισμένη τον 4ο αι. π.Χ. Λείψανα τείχους αυτοκρατορικών και βυζαντινών χρόνων, κτισμένου με μικρές πέτρες και κονίαμα είναι επίσης ορατά.

Στην κορυφή της ακρόπολης αποκαλύφτηκε ναός της Αθηνάς που περιβάλλεται από οχυρωματικό περίβολο. Ο ναός, που χρονολογείται στον 6ο αι. π.Χ., ήταν δίστυλος εν παραστάσι με είσοδο στα ανατολικά και είχε πώρινη θεμελίωση. Κατά μήκος του βόρειου τοίχου σώζονται θεμέλια παλαιότερου ναού του 7ου αι. π.Χ. Ο περίβολος είναι επιμήκης προς νότο και ημικυκλικός προς βορρά, κτισμένος με εξαιρετικά προσεγμένο πολυγωνικό σύστημα τοιχοποιίας. Στα νότια του ναού αποκαλύφτηκε μεγάλο κτήριο (21 μ. στον άξονα βορράς- νότος και 8,90 μ. στον άξονα ανατολή - δύση) άγνωστης χρήσης, με όμοιο σύστημα τοιχοποιίας και δύο εισόδους στα ανατολικά. Η στέγη του υποστηριζόταν από ξύλινους κίονες τοποθετημένους σε λίθινες βάσεις. Από τη μεγάλη ποσότητα αγγείων, λύχνων και ειδωλίων που βρέθηκαν στους δυτικούς πρόποδες του περιβόλου πιστοποιείται ότι ο ναός της Αθηνάς είχε διάρκεια ζωής από τον 6ο έως τις αρχές του 2ου αι. π.Χ.

Το νεκροταφείο της αρχαίας πόλης, στα νοτιοανατολικά της ακρόπολης, που έρχεται στο φως στις μέρες μας με την ευκαιρία σωστικών ανασκαφών, αποδεικνύει την κατοίκηση του χώρου κατά τη ρωμαϊκή περίοδο.

Ανατολικά της Αλιάρτου βρισκόταν ο αρχαιότατος ναός του Ογχηστείου Ποσειδώνος, που υπήρξε η έδρα του Βοιωτικού Κοινού στο διάστημα 338-146 π.Χ.