Ο υποβρύχιες αρχαιολογικές έρευνες στο Πυθαγόρειο αποτέλεσαν τη μέγιστη απόδειξη για τον καθορισμό της χρήσης του αρχαίου λιμένος, κατατάσσοντας τον στην κατηγορία των «κλειστών» πολεμικών λιμένων.

Ο «κλειστός» πολεμικός λιμένας γίνεται ο εκφραστής της ναυτικής και κατ? επέκταση της στρατιωτικής δύναμης μιας αρχαίας πόλης, αφού είναι ο πυρήνας των πολεμικών επιχειρήσεων της.

Τα πολεμικά λιμάνια, καλά οχυρωμένα, αποτελούν το προπύργιο της άμυνας της πόλης.

Η αρχαία Σάμος, μία πόλη-κλειδί στο βορειοανατολικό Αιγαίο, ανέπτυξε με τη σειρά της ένα σημαντικό λιμάνι, η αποκατάσταση της τοπογραφίας του οποίου έχει ως εξής:

Στη βόρεια πλευρά, το τείχος-λιμενοβραχίονας ξεκινάει από το σημείο, που ενώνεται η χερσαία οχύρωση με το παράλιο τείχος και κατευθύνεται προς νότο σε μήκος 170μ., στη συνέχεια κατευθύνεται προς δυτικά σχηματίζοντας ορθή γωνία σε μήκος επίσης περί τα 85μ. Στο σημείο της επαφής της χερσαίας οχύρωσης με το παράλιο τείχος δεν φαίνεται να υπήρχε κάποιος πύργος.

Όμως, κατά μήκος των παραλίων τειχών σημειώνονται κατά διαστήματα δύο τετράγωνοι πύργοι. Το παράλιο τείχος (διατείχισμα) απομονώνει τον πολεμικό λιμένα από την αρχαία πόλη, ενώ δεν έχουν εντοπισθεί οι πύλες εισόδου σ? αυτήν.

Εξωτερικά των τειχών-λιμενοβραχιόνων αναπτύσσονται δύο εξαιρετικά μεγάλων διαστάσεων λιθορριπές. Στα βόρεια η λιθορριπή, έρχεται σε επαφή με το τείχος-λιμενοβραχίονα και συνεπώς εκτείνεται και αυτή σε μήκος 170μ. περίπου.

Νοτίως, στο ύψος ενός ακόμη πύργου και με κατεύθυνση προς ανατολάς ξεκινάει το περίφημο «χώμα του Πολυκράτη», το οποίο, όπως φαίνεται, αποσπάται και οδεύει νοτιότερα του τείχους-λιμενοβραχίονα με κατεύθυνση προς ανατολάς και σε μήκος 480μ.

Το τοπογραφικό διάγραμμα του αρχαίου λιμένος έχει ως εξής: τα τείχη-λιμενοβραχίονες από βορρά και νότο προσδιορίζουν το χώρο του αρχαίου λιμένος αφήνοντας ένα στενό άνοιγμα (ένα στόμιο), για την είσοδο και την έξοδο των πλοίων.

Για να μπορούν ταυτόχρονα δύο πλοία να κινούνται στο στόμιο του λιμένος δηλ. το ένα να εισέρχεται και το άλλο να εξέρχεται θα πρέπει αυτό να έχει άνοιγμα το περισσότερο 20μ., λαμβανομένου υπόψη του γεγονότος ότι τα πολεμικά πλοία είχαν πλάτος περί τα 6μ.Το άνοιγμα τοποθετείται προς ανατολάς, στην ίδια κατεύθυνση με τη σημερινή είσοδο του λιμανιού.

Ο «κλειστός» πολεμικός λιμένας αποτελεί ένα από τα πρώτα δείγματα αυτού του είδους, που αναπτύχθηκαν στον ελλαδικό χώρο και φαίνεται να δημιουργήθηκε το 530π.Χ, στα χρόνια της τυραννίας του Πολυκράτημε συνεχή λειτουργία έως τις μέρες μας.