Στον αρχαιολογικό χώρο της Κλοπεδής, σώζονται τα ερείπια δύο Ναών των αρχαϊκών χρόνων. Οι Ναοί, γνωστοί στην αρχαιολογική βιβλιογραφία ως Ναοί Α και Β, ανοικοδομήθηκαν στο άνδηρο ενός χαμηλού, ελαιόφυτου λόφου και ορίζουν τον πυρήνα ενός μεγάλου Ιερού, λείψανα του οποίου σώζονται επιφανειακά στη γύρω περιοχή. Το Ιερό στην Κλοπεδή, το παλαιότερο σωζόμενο στην Λέσβο, αναγνωρίζεται ως μνημείο σταθμός, τόσον για την συμβολή του στην ιστορία της αρχιτεκτονικής, καθώς αποτελεί μοναδικό δείγμα αιολικού ρυθμού στον ελλαδικό χώρο, όσον και γιατί η ίδρυσή του στον 6ο αι. π.Χ. συνδέεται με μία ακμάζουσα περίοδο του νησιού.

Από τους δύο Ναούς, ο Ναός Α θεωρείται πρωιμότερος και τοποθετείται, βάσει των αναλογιών της κάτοψης (29,20 x 18,70μ.), στους πρώιμους αρχαϊκούς χρόνους. Τα οικοδομικά λείψανα, τα οποία αποκαλύφθηκαν το 1924, καθώς και στο πλαίσιο των εργασιών του ΕΣΠΑ, μαρτυρούν ότι τον κυρίως Ναό αποτελούσαν τρεις διαδοχικοί χώροι ? ο πρόδομος, ο σηκός και ο οπισθόδομος - τους οποίους περιέβαλε εξωτερική κιονοστοιχία, το λεγόμενο πτερό.

Ο Ναός εδράζεται στον φυσικό βράχο και τα θεμέλια του είναι κατασκευασμένα από μεγάλες πλάκες εντόπιου, τραχείτη λίθου, συναρμοσμένες χωρίς συνδετικό υλικό. Η ισχυρή κατασκευή της νότιας μακράς και ανατολικής πλευράς του Ναού, μέγιστου σωζόμενου ύψους 2,35μ., σχετίζεται με τη θέση ανέγερσης του Ναού στις νότιες παρυφές του πλατώματος και την ανάγκη ενίσχυσης της θεμελίωσης σε αυτή την πλευρά. Για τον λόγο, μάλιστα, αυτό, κατά μήκος της νότιας μακράς πλευράς του Ναού κατασκευάστηκε ισχυρό, βαθμιδωτό ανάλημμα, με γέμισμα και επένδυση λιθοπλίνθων. Για την κατανόηση της επιλογής της θέσης ανοικοδόμησης του Ναού στο χείλος του πλατώματος διαφωτιστικά είναι τα νέα ευρήματα: τα μυκηναϊκών και γεωμετρικών χρόνων λείψανα, τα οποία περικλείονται στα θεμέλιά του, συσχετίζουν την ανέγερση του αρχαϊκού Ναού με την λατρεία των προγόνων και την ανάγκη σύνδεσης με το μακρινό παρελθόν.

Ενδείξεις για τη λίθινη ανωδομή και τον αρχιτεκτονικό τύπο του κτιρίου παρέχουν τα πολυάριθμα αρχιτεκτονικά σπαράγματα, καθώς και ένα αιολικό κιονόκρανο, το οποίο βρέθηκε ανεστραμμένο στην ΝΑ. γωνία της θεμελίωσης. Πρόκειται για τυπικό δείγμα κιονόκρανου αιολικού ρυθμού, με δύο έλικες να διακλαδίζονται αντιθετικά γύρω από ένα ανθέμιο.

Λίγο βορειότερα του Ναού Α βρίσκεται ο Ναός Β, θεμελιωμένος στον φυσικό βράχο, στο πιο επίπεδο τμήμα του πλατώματος. Ο Ναός σώζεται έως τον στυλοβάτη, το επίπεδο, δηλαδή, όπου εδράζονταν οι κίονες της εξωτερικής κιονοστοιχίας, της λεγόμενης περίστασης, η οποία περιέβαλε τον κυρίως Ναό. Μάλιστα, στη ΒΔ. γωνία του στυλοβάτη βρέθηκαν στη θέση τους δύο βάσεις κιόνων, στοιχείο από το οποίο προκύπτει ότι η περίσταση αποτελούνταν από 46 συνολικά κίονες.

Σύμφωνα με τα σωζόμενα οικοδομικά λείψανα, τον πυρήνα του Ναού αποτελούσε μία μονόχωρη αίθουσα με εσωτερική κιονοστοιχία σχήματος Π, στο βάθος της οποίας βρισκόταν η βάση του λατρευτικού αγάλματος. Η χρονολόγηση του Ναού ανάγεται στους ύστερους αρχαϊκούς χρόνους, με ασφαλείς ενδείξεις πρωιμότερων οικοδομικών φάσεων.

Σημαντικό πρόσφατο εύρημα είναι το γεωμετρικών χρόνων ελλειψοειδές κτίριο, το οποίο αποκαλύφθηκε βόρεια ακριβώς του Ναού. Το κτίριο, με προσανατολισμό Α-Δ και διαστάσεις 13,50 X 8,50μ., έχει εγκάρσιο διαχωριστικό τοίχο στην αψίδα, κεντρικό άνοιγμα εισόδου στον κατά μήκος άξονα και οριοθετημένο αύλειο χώρο. Μεταξύ των ολιγάριθμων ευρημάτων από το εσωτερικό του κτιρίου, ενδιαφέρον παρουσιάζει μία πήλινη κεφαλή ειδώλου, για την εξυπηρέτηση ενδεχομένως λατρευτικών αναγκών.

Η λατρευόμενη θεότητα του Ιερού συνδέθηκε στην έρευνα με την γνωστή από τις αρχαίες πηγές λατρεία στη Λέσβο του Ναπαίου Απόλλωνος. Τα νέα ευρήματα, όπως το θραύσμα πήλινης πλάκας με εγχάρακτη επιγραφή ?ΛΩΝΟΣ από τα θεμέλια του Ναού Α, καθώς και τμήμα χάλκινου ειδωλίου κούρου από το βάθρο του λατρευτικού αγάλματος του Ναού Β, τεκμηριώνουν την υπόθεση για τη λατρεία του θεού του Φωτός και της Μουσικής στο αιολικό, αρχαϊκό Ιερό της Κλοπεδής.