O αρχαιολογικός χώρος των Αβδήρων, στο ακρωτήριο Μπουλούστρα, περιλαμβάνει το βόρειο και το νότιο περίβολο, την ακρόπολη της αρχαίας πόλης και τα νεκροταφεία της, που εκτείνονται κυρίως στα ΒΔ, Β και ΒΑ και χρονολογούνται στην αρχαϊκή, κλασική και ελληνιστική περίοδο. Στο χώρο του βορείου περιβόλου σώζονται τμήματα του τείχους και μονόχωρα κτίσματα της παλαιότερης πόλης των Κλαζομενίων, του 7ου αι. π.Χ., τμήματα του τείχους των Τηίων, του 6ου-5ου αι. π.Χ., νεώσοικος της ίδιας εποχής, που βρισκόταν στο ΒΑ άκρο του λιμανιού, πριν η περιοχή γίνει χερσαία από τις προσχώσεις, ερείπια ενός ιερού της Δήμητρας και της Κόρης, που χρονολογείται στον 6ο-4ο αι. π.Χ., και το ελληνιστικό νεκροταφείο.

Το κυρίως ανασκαμμένο και επισκέψιμο τμήμα του αρχαιολογικού χώρου βρίσκεται κοντά στο σημερινό λιμάνι. Πρόκειται για το δυτικό τμήμα του νοτίου περιβόλου της πόλης, στο οποίο διακρίνονται το δυτικό τείχος, πύλη με πύργους, δρόμοι και κατοικίες. Τα πρώτα κτίσματα που συναντά ο επισκέπτης πριν εισέλθει στην αρχαία πόλη είναι κατοικίες των αυτοκρατορικών χρόνων, που δεν ακολουθούν το ιπποδάμειο σύστημα, η κοιμητηριακή βασιλική του χριστιανικού νεκροταφείου του Πολυστύλου, και τα ερείπια πολυτελούς λουτρού των αυτοκρατορικών χρόνων, από το οποίο διακρίνεται μία ελλειψοειδής αίθουσα και η κλίμακα που οδηγεί στα υπόκαυστα.

Ακολουθεί τμήμα του δυτικού σκέλους του τείχους, που χρονολογείται στα μέσα του 4ου αι. π.Χ. Είναι κτισμένο με μεγάλους λαξευτούς γωνιολίθους, έχει πάχος 1,70-2,40 μ. και αποτελείται από δύο παρειές δομημένες κατά το ψευδοϊσόδομο σύστημα, ανάμεσα στις οποίες υπάρχει χώμα με μικρές πέτρες. Η πύλη έχει άνοιγμα περίπου 2,50 μ., πλαισιώνεται από δύο τετράπλευρους πύργους και οδηγεί σε μικρή αυλή. Από αυτήν ένας δρόμος αρχικού πλάτους 6 μ. οδηγεί στο εσωτερικό της πόλης. Βόρεια και νότιά του υπάρχουν κατοικίες, από τις οποίες καμμία δεν είναι ανεσκαμμένη πλήρως. Η οικιστική φάση που διακρίνεται ανήκει στα αυτοκρατορικά χρόνια. Προς τα ανατολικά υπάρχει πλακοστρωμένος διάδρομος με ρείθρο, ίδιας εποχής, και ακολουθεί κατοικία, στην οποία διακρίνονται δύο φάσεις, που χρονολογούνται στον 4ο αι. π.Χ. και στο τέλος 2ου - αρχές 3ου αι. μ.Χ. Είναι ανεσκαμμένη σε μεγάλο τμήμα της και αποτελεί τυπικό παράδειγμα αβδηρίτικου σπιτιού: στο μέσον τετράπλευρη αυλή, με πηγάδι και ρείθρο για τα νερά της βροχής, περιβάλλεται από στοές στις οποίες βλέπουν τα δωμάτια. Το σπίτι αυτό ορίζεται στα βόρεια και ανατολικά από δρόμους της πόλης. Βορειότερα υπάρχει κατοικία που έχει ονομασθεί «Σπίτι των Δελφινιών», διότι στην αυλή της βρέθηκε ψηφιδωτό δάπεδο με δελφίνια, που χρονολογείται στο β΄ μισό του 3ου αι. π.Χ. Είναι ανεσκαμμένη αποσπασματικά, όπως και η βορειότερα ευρισκόμενη «Αποθήκη Αμφορέων», του 4ου αι. π.Χ., που ονομάσθηκε έτσι επειδή σε έναν από τους χώρους της βρέθηκαν οξυπύθμενοι αμφορείς. Προς τα ανατολικά των κτισμάτων αυτών υπάρχει μία νησίδα ανασκαμμένη σε μεγάλη έκταση, που περιλαμβάνει κατοικίες με αυλές, πηγάδια, αγωγούς και εστίες.

Ο πιο απομακρυσμένος ανασκαμμένος τομέας προς τα ανατολικά είναι τμήμα οικοδομικού τετραγώνου στο οποίο έχουν αποκαλυφθεί τέσσερις κατοικίες. Μέσα σε αυτές υπήρχαν καταστήματα που πουλούσαν αγγεία και άλλα προϊόντα, ενώ στο κεντρικό τμήμα του συγκροτήματος στεγαζόταν εργαστήριο κοροπλαστικής, που χρονολογείται στον 4ο αι. π.Χ. και αποδεικνύει ότι η κατασκευή πήλινων ειδωλίων ήταν από τις πιο γνωστές βιοτεχνικές δραστηριότητες των Αβδηριτών.

Εκτός από τα επισκέψιμα τμήματα του χώρου υπάρχουν πολύ περισσότερα ανασκαμμένα που απέχουν αρκετά μεταξύ τους, αλλά σε κανένα από αυτά η ανασκαφή δεν έχει ολοκληρωθεί. Στο νότιο άκρο υψώνεται η ακρόπολη της αρχαίας πόλης, όπου σώζεται μόνο τμήμα του αρχαίου τείχους, ενώ στο δυτικό άκρο της, στη θάλασσα, διακρίνεται ο λιμενοβραχίονας του δυτικού λιμανιού. Το δεύτερο λιμάνι της πόλης, το ανατολικό, βρίσκεται στη βορειοανατολική πλευρά του νοτίου περιβόλου. Εδώ επίσης διακρίνεται ο λιμενοβραχίονας και αποθήκες. Αν και η εικόνα της αρχαίας πόλης είναι αρκετά καλή, κυρίως όσον αφορά στις ιδιωτικές κατοικίες, στα καταστήματα, στα τείχη και στους τάφους των κατοίκων του βυζαντινού Πολύστυλου, δεν έχουν εντοπισθεί δημόσια κτήρια. Το μοναδικό δημόσιο οικοδόμημα που γνωρίζουμε είναι το θέατρο, το οποίο βρίσκεται ανάμεσα στο βόρειο και στο νότιο περίβολο, στην πλαγιά ένός λόφου, αλλά είναι τόσο κατεστραμμένο που δεν είναι επισκέψιμο.