Στο Άγιον Όρος σήμερα υπάρχουν και λειτουργούν είκοσι συνολικά μονές. Η σειρά ιεραρχίας, όπως αυτή οριστικοποιήθηκε το 18ο αι. είναι η εξής: 1. Μεγίστη Λαύρα, 2. Βατοπεδίου, 3. Ιβήρων, 4. Χελανδαρίου (Σέρβικη), 5. Διονυσίου, 6. Κουτλουμουσίου, 7. Παντοκράτορος, 8. Ξηροποτάμου, 9. Ζωγράφου (Βουλγάρικη), 10. Δοχειαρίου, 11. Καρακάλλου, 12. Φιλοθέου, 13. Σίμωνος Πέτρας, 14. Αγίου Παύλου, 15. Σταυρονικήτα, 16. Ξενοφώντος, 17. Γρηγορίου, 18. Εσφιγμένου, 19. Αγίου Παντελεήμονος (Ρωσική), 20. Κωνσταμονίτου. Πρόκειται για οικοδομικά συγκροτήματα, όπου οχυρωματικής μορφής πτέρυγες με πύργο ορίζουν μία εσωτερική αυλή, στο κέντρο της οποίας υψώνεται συνήθως ο κεντρικός ναός, το καθολικό. Εκτός από αυτόν, υπάρχουν η τράπεζα, παρεκκλήσια, φιάλες και άλλα βοηθητικά κτίρια. Οι μονές είναι οργανωμένες σε κοινόβια με επικεφαλής τον Ηγούμενο. Εκτός από τις παραπάνω κυρίαρχες μονές υπάρχουν και υποτελή σε αυτές ιδρύματα. Χωρίζονται σε σκήτες, κελλιά, καλύβες και καθίσματα. Οι σκήτες είναι δώδεκα και εξωτερικά δίνουν την εντύπωση μοναστηριών. Στο κέντρο υψώνεται το Κυριακό, ο ναός της σκήτης. Τη διοίκηση στις σκήτες ασκεί ο Δικαίος. Χωρίζονται σε κοινοβιακές και ιδιόρρυθμες. Οι κοινοβιακές είναι τέσσερις: του Τιμίου Προδρόμου (Μεγίστης Λαύρας), του Αγίου Ανδρέα (Βατοπεδινή), της Κοίμησης της Θεοτόκου (του Αγίου Παντελεήμονος) και του Προφήτου Ηλιού (Παντοκρατορινή). Οι οκτώ ιδιόρρυθμες είναι της Αγίας Άννης (Μεγίστης Λαύρας), των Καυσοκαλυβίων (Μεγίστης Λαύρας), του Αγίου Δημητρίου (Βατοπεδινή), του Τιμίου Προδρόμου (Ιβηριτική), του Αγίου Παντελεήμονος (Κουτλουμουσιανή), του Λάκκου (Αγίου Παύλου), η Νέα Σκήτη (Αγίου Παύλου) και του Ευαγγελισμού (Ξενοφωντινή). Τα κελλιά είναι ευρύχωρες αγροικίες με ενσωματωμένο ναό. Η καλύβα έχει χαρακτηριστικά κελλιού, χωρίς αγροτική έκταση. Είδος καλύβας είναι το κάθισμα, μικρό οίκημα κοντά στην κυρίαρχη μονή.

Το σύστημα της διοικήσεως του Αγίου Όρους στηρίζεται στα επτά τυπικά που εκδόθηκαν από την εμφάνιση της μοναχικής ζωής στον Άθω μέχρι τις αρχές του περασμένου αιώνα, καθώς και στον Καταστατικό Χάρτη του 1924, που επικυρώθηκε με Ν.Δ. το 1926. Την εξουσία ασκεί η Ιερά Σύναξη που αποτελείται από τους είκοσι αντιπροσώπους των ισάριθμων μονών. Την εκτελεστική εξουσία ασκεί η Ιερά Επιστασία που αποτελείται από τέσσερα μέλη με πρόεδρο τον Πρώτο ή Πρωτεπιστάτη. Πρωτεύουσα του Αγίου Όρους είναι οι Καρυές, όπου εδρεύει η Ιερά Κοινότητα και ο διοικητής του Αγίου Όρους, που υπάγεται στο Υπουργείο Εξωτερικών και είναι υπεύθυνος για την πιστή εφαρμογή του Καταστατικού Χάρτη και γενικά για την τάξη και την ασφάλεια. Σήμερα, όλες οι μονές και τα ιερά προσκυνήματα του Αγίου Όρους είναι επισκέψιμα, αποκλειστικά όμως για τους άνδρες (άβατον γυναικών), μετά όμως από συνεννόηση με τις μονές και την έκδοση του σχετικού Διαμονητηρίου.