Η ακρόπολη της αρχαίας Αλίφειρας εκτείνεται στην κορυφή λοφοσειράς μήκους άνω των 800 μ. και πλάτους 65 μ. που περιβάλλεται από τείχη και έχει στο εσωτερικό της άνδηρα. Στο ανατολικό τμήμα της στο ψηλότερο από τα άνδηρα υπάρχει η κατεξοχήν ακρόπολη που είναι ενισχυμένη με αυτόνομο οχυρωματικό περίβολο. Αμέσως ανατολικά και σε χαμηλότερο επίπεδο βρίσκεται το ιερό της Αθηνάς, ενώ στο δυτικό τμήμα της τειχισμένης πόλης υπάρχει ιερό του Ασκληπιού. Έχουν επίσης ανασκαφτεί δύο ορθογώνιοι περίβολοι που ανήκουν προφανώς σε δημόσια ή ιδιωτικά κτήρια της πόλης.


Η οχύρωση της ακρόπολης περιορίζεται στις πιο προσιτές και ευάλωτες πλευρές της λοφοσειράς, δηλαδή στη βόρεια, την ανατολική και στο ανατολικό ήμισυ της νότιας. Έχει κατασκευαστεί από ντόπιο φυσικό βράχο κατά το μεικτό ισόδομο προς πολυγωνικό σύστημα. Πύλη θα πρέπει να υπήρχε στα ανατολικά, όπου υπάρχει φυσική πρόσβαση, και στα βορειοδυτικά, κοντά στο Ασκληπιείο. Η καθ' αυτό ακρόπολη διαθέτει αυτόνομο οχυρωματικό περίβολο σε σχήμα ακανόνιστου τραπεζίου, με τρεις πύργους και τραπεζιοειδή διάδρομο εισόδου. Έχει κατασκευαστεί κατά το πολυγωνικό σύστημα και χρονολογείται στον 5ο αι. π.Χ.


Το ιερό της Αθηνάς σχετίζεται με την πιο σημαντική λατρεία της πόλης, καθώς σύμφωνα με την παράδοση η θεά είχε γεννηθεί και ανατραφεί στην Αλίφειρα. Γι' αυτόν, άλλωστε, το λόγο υπήρχε και βωμός του Διός Λεχεάτου, που μνημονεύεται από τον Παυσανία. Το ιερό έχει ανασκαφτεί στα ανατολικά της ακρόπολης και καταλαμβάνει άνδηρο με κλιμακωτή πρόσβαση. Περιλαμβάνει δωρικό περίπτερο ναό της ύστερης αρχαϊκής εποχής, μεγάλο βωμό και ενεπίγραφο βάθρο για το υπαίθριο κολοσσιαίο άγαλμα της θεάς. Στα ανατολικά του πλατώματος αυτού, όπου υπάρχει επίπεδη οχυρωμένη γλώσσα, θα πρέπει να τοποθετηθεί το «προάστειον της άκρας? που αναφέρεται από τον Πολύβιο κατά την κατάληψη της πόλης από τον Φίλιππο Ε΄.


Στο δυτικό τμήμα της τειχισμένης πόλης έχει ανασκαφτεί το δεύτερο σημαντικό ιερό που μνημονεύεται επίσης από τον Παυσανία, το Ασκληπιείο. Περιλαμβάνει ναό δίστυλο εν παραστάσι, βωμό και τμήμα κτηρίου που εξυπηρετούσε προφανώς τις ανάγκες των ιερέων ή των πιστών.


Η κάτω πόλη θα πρέπει να εκτεινόταν στα βόρεια και ανατολικά της ακρόπολης και να προστατευόταν ενδεχομένως από προτείχισμα. Στην περιοχή αυτή έχει εντοπιστεί η πηγή Τριτωνίδα που σχετίζεται με την παράδοση πως η Αθηνά γεννήθηκε δίπλα στον ποταμό Τρίτωνα. Στην ανατολική παρυφή της ίδιας περιοχής έχει εντοπιστεί η νεκρόπολη με μνημειώδεις τάφους της ελληνιστικής εποχής.