Τα αρχαία Στάγειρα βρίσκονται σε μια μικρή και ορεινή χερσόνησο που ονομάζεται "Λιοτόπι". Η πόλη κτίστηκε πάνω στους δυο λόφους της χερσονήσου, τον παραθαλάσσιο βόρειο και έναν μεγαλύτερο νότιο, που χωρίζονται μεταξύ τους με χαμηλό αυχένα. Με το πέρασμα των αιώνων η αρχαία πόλη καλύφθηκε από πυκνή βλάστηση και επιχώσεις, ώστε ορατά ήταν μόνο κάποια ίχνη του βυζαντινού οικισμού.

Οι δύο λόφοι που καλύπτουν τη χερσόνησο των Σταγείρων, φύλαξαν τα αρχιτεκτονικά λείψανα της γενέτειρας του Αριστοτέλη, η οποία έζησε από τα μέσα του 7ου ως και τα μέσα του 1ου αι. π.Χ. Ανασκαφές έγιναν σ' όλη την επιφάνεια της πόλης, φέρνοντας στο φως χαρακτηριστικά οικοδομήματα, από τα οποία προκύπτει ο γενικός πολεοδομικός ιστός της πόλης. Τα συμπεράσματα των ερευνών είναι διαφωτιστικά για τη δομή των αρχαϊκών, κλασικών και ελληνιστικών Σταγείρων.

Η πρώτη αποίκηση των Ανδρίων έγινε στον βορειότερο λόφο. Η πρώτη, αρχαϊκή οχύρωση της πόλης εντοπίστηκε στο νότιο πρανές, λίγο χαμηλότερα από την κορυφή του λόφου, στη γραμμή ακριβώς του μεταγενέστερου βυζαντινού διατειχίσματος. Μέσα από την πύλη της αρχαϊκής οχύρωσης αποκαλύφθηκε ένα μαρμαροθετημένο δάπεδο, ενώ εξωτερικά ένα αψιδωτό κτίριο δημόσιου χαρακτήρα, που κτίστηκε στα χρόνια του Αλεξάνδρου. Βορειότερα, σε διαμορφωμένο πλάτωμα στην κορυφή του λόφου, κάτω από τα θεμέλια της βυζαντινής ακρόπολης, διακρίνεται μεγάλο τμήμα ενός εκατόμπεδου αρχαϊκού ναού του 6ου αιώνα π.Χ. Θραύσματα αρχιτεκτονικών γλυπτών και άλλων μελών που βρέθηκαν εκεί, τμήματα ιωνικού κυματίου, αλλά και κομμάτια γλυπτού διακόσμου με ανθρώπινες παραστάσεις συνέθεταν την ανάγλυφη διακόσμηση του θριγκού του ναού.

Στην ανατολική άκρη του ίδιου λόφου ήρθαν στο φως δύο ιερά (το πρώτο αποτελείται από βωμό, εσχάρα για θυσίες και δύο τετράπλευρους χώρους, το δεύτερο είναι ένα κυκλικό κτίσμα) του 6ου αι. π.Χ., στα οποία οι κάτοικοι λάτρευαν τις θεότητες, προστάτιδες της πόλης. Και από τα δύο ιερά προέρχεται πλήθος ευρημάτων με πολλά πήλινα ειδώλια και μεγάλες γυναικείες προτομές, τα οποία οδηγούν στο συμπέρασμα ότι στο πρώτο λατρευόταν γυναικεία θεότητα, ενώ το δεύτερο ήταν αφιερωμένο στην θεά Δήμητρα. Δίπλα από τα ιερά σώζεται τμήμα του υστεροκλασικού τείχους, που ταυτίζεται μ' εκείνο που έκτισε ο Φίλιππος Β', αφού προηγουμένως ο ίδιος είχε καταστρέψει την πόλη.

Όταν κατά τον 5ο αι. π.Χ., ο πληθυσμός των Σταγείρων αυξήθηκε, η πόλη επεκτάθηκε και στον γειτονικό νότιο λόφο. Τότε έγινε και η συνολική της οχύρωση με ισχυρό τείχος μήκους περίπου 2 χλμ., κτισμένο με πωρόλιθους, ασβεστόλιθους και μαρμαρόλιθους με διάφορα συστήματα δόμησης, που περιβάλλει και τους δύο λόφους και ενισχύεται, κατά διαστήματα, με τετράγωνους και κυκλικούς πύργους και εσωτερικές κλίμακες ανόδου. Στην κορυφή του νότιου αυτού λόφου, βρίσκεται η ακρόπολη με σχήμα σχεδόν ορθογώνιου τριγώνου. Η ακρόπολη περιβαλλόταν από οχυρωματικό περίβολο για την προστασία των κατοίκων σε περιόδους κινδύνου. Στο κέντρο της βρισκόταν μια δεξαμενή νερού για τη συλλογή ομβρίων υδάτων, ενώ σε διπλανά σημεία βρίσκονταν κτίσματα, πιθανότατα στρατιωτικά φυλάκια, για την επιτήρηση της περιοχής. Λίγο δυτικότερα από την ακρόπολη, ήρθε στο φως ο κεντρικός υδροδοτικός αγωγός, που τροφοδοτούσε με νερό τους κατοίκους της πόλης.

Οικίες των αρχαϊκών, κλασικών και ελληνιστικών χρόνων αποκαλύφθηκαν σε διάφορα σημεία. Πρόκειται για λιθόκτιστα σπίτια του 5ου, 4ου και 3ου αι. π.Χ. και φωτίζουν την οικιστική αρχιτεκτονική της πόλης, την οικιακή οικονομία και την κοινωνία των Σταγείρων. Οι έντονες κλίσεις του εδάφους επέβαλλαν διάφορες πρακτικές λύσεις για το κτίσιμο των σπιτιών, τα οποία διέθεταν συχνά μεγάλα δωμάτια και υπόγειους αποθηκευτικούς χώρους. Στενοί, αρκετές φορές λιθόστρωτοι δρόμοι χώριζαν τα σπίτια μεταξύ τους.

Τέλος, η αγορά των Σταγείρων εντοπίσθηκε στον χαμηλό αυχένα ανάμεσα στους λόφους. Εδώ ερευνήθηκαν μια καλοδιατηρημένη στοά των κλασικών χρόνων, κτισμένη κυρίως από μαρμάρινους γωνιόλιθους με μνημειακή κλίμακα, λιθόστρωτοι δρόμοι, δημόσιες αποθήκες και καταστήματα.