Ο προϊστορικός οικισμός του Σέσκλου εκτείνεται σε χώρο συνολικού εμβαδού 100 στρεμμάτων τουλάχιστον, που περιλαμβάνει το λόφο Καστράκι, ο οποίος χαρακτηρίσθηκε ως «ακρόπολη» από τον ανασκαφέα του, Χρ. Τσούντα, και τη γύρω επίπεδη περιοχή, που από τον ίδιο χαρακτηρίσθηκε ως «πόλη». Όλη η περιοχή τέμνεται βαθιά από ένα δίκτυο εποχικών ρεμάτων, μάλιστα ο οικισμός βρίσκεται σήμερα ανάμεσα σε δύο ρέματα που έχουν προκαλέσει σοβαρή διάβρωση στη θέση και έχουν παρασύρει σημαντικό μέρος της. Τα αρχιτεκτονικά λείψανα, που είναι σήμερα ορατά, εκτείνονται πάνω στο λόφο (Σέσκλο Α), στην επίπεδη πλαγιά δυτικά του (Σέσκλο Β), στην περιοχή βορειοανατολικά του (Σέσκλο Γ), και τα περισσότερα ανήκουν στη Μέση Νεολιθική περίοδο, που είναι και η εποχή ακμής του οικισμού (5800-5400 π.Χ). Σώζονται τα λίθινα θεμέλια των σπιτιών, τα οποία είναι συνήθως μικρά, έχουν τον ίδιο προσανατολισμό, με στενά δρομάκια ανάμεσά τους, που σχηματίζουν σε μερικά σημεία πλατείες. Όλα έχουν λίθινο θεμέλιο, πλίνθινη ανωδομή και δικλινή ή τετρακλινή στέγη με δοκούς σκεπασμένη με πηλό, ενώ όταν καταστρέφονταν κτίζονταν πάλι στην ίδια θέση. Στο εσωτερικό τους σώζονται εστίες, μικρές αποθηκευτικές εγκαταστάσεις, χώροι προετοιμασίας της τροφής και χώροι διαμονής.

Επάνω στο λόφο (Σέσκλο Α) το κεντρικότερο κτίσμα της Μέσης Νεολιθικής είναι το μικρό μεγαροειδές οικοδόμημα (7-8-9) με πλακοστρωμένη αυλή μπροστά και εσωτερικό περίβολο πίσω. Δίπλα σε αυτό βρίσκεται η Οικία του Κεραμέα (οικία 11-12), όπου σώζονται σε αρκετά μεγάλο ύψος οι επαλείψεις των τοίχων από πηλό και οι τρεις εσωτερικές αντηρίδες, πάνω στις οποίες πιθανόν στηριζόταν ξύλινο πατάρι. Το πιο ευρύχωρο από τα υπόλοιπα κτίσματα του οικισμού ήταν το οικοδόμημα 50, σχεδόν τετράγωνο σε κάτοψη, στο βορειοανατολικό άκρο του οικοδομικού συγκροτήματος. Γύρω από τα σπίτια υπάρχουν μεγάλοι τοίχοι-περίβολοι, που δεν πρέπει, όμως, να θεωρηθούν οχυρωματικοί, δεν αποκλείεται, ωστόσο, να φανερώνουν και μια έννοια προφύλαξης ή απομόνωσης του κατοικημένου χώρου. Κατά τη Νεότερη Νεολιθική περίοδο, το κεντρικό τμήμα του οικισμού καταλάμβανε το μεγάλο «μέγαρο» (οικία 1-2-3-4-5-6), που κτίσθηκε στο ψηλότερο σημείο και περιβαλλόταν από ένα σύστημα κυκλικών λίθινων περιβόλων. Γύρω από αυτό τον κεντρικό πυρήνα διατάσσονταν τα υπόλοιπα σπίτια του οικισμού. Στο λόφο σώζονται σποραδικά και ορισμένα σπίτια, καθώς και κιβωτιόσχημοι τάφοι των μεταγενέστερων χρόνων, μέχρι τη Μέση Εποχή του Χαλκού.

Νοτιοδυτικά του λόφου, στην επίπεδη πλαγιά, στο χώρο που ονομάζεται Σέσκλο Β, τα σπίτια της Μέσης Νεολιθικής περιόδου είναι πιο άνετα, ανεξάρτητα, το ένα δίπλα στο άλλο, με σαφώς προμελετημένη διάταξη, ενώ συχνά έχουν δίπλα ένα βοηθητικό χώρο, ένα είδος «παράσπιτου». Ο χώρος και εδώ κατοικήθηκε μέχρι και τη Μέση Εποχή Χαλκού, και από αυτή τη μεταγενέστερη περίοδο επίσης σώζονται σπίτια και κιβωτιόσχημοι τάφοι.