Η βασιλική των Βαρκών Υπάτης είναι τρίκλιτη, μικρών διαστάσεων και με τριμερές Ιερό Βήμα. Κατά τον ανασκαφέα στο κεντρικό κλίτος αποκαλύφθηκαν υπολείμματα ψηφιδωτού δαπέδου, τα οποία ωστόσο ενδεχομένως σχετίζονται με προγενέστερη βασιλική, της οποίας η ημικυκλική κόγχη διακρίνεται κάτω από το θεμέλιο της κεντρικής αψίδας του μεταγενέστερου Βήματος. Με το προγενέστερο κτίσμα πρέπει να σχετίζονται επίσης οι θαλαμωτοί τάφοι που έχουν αποκαλυφθεί κάτω από το επίπεδο των δαπέδων του δεύτερου κτίσματος. Στην τοιχοδομία του μεταγενέστερου κτίσματος έχει ενσωματωθεί μεγάλο μέρος αρχαίου οικοδομικού υλικού, μεταξύ άλλων ενεπίγραφα βάθρα της ρωμαϊκής Υπάτης. Με βάση το τριμέρες Ιερό της η βασιλική της Υπάτης χρονολογήθηκε στο δεύτερο μισό του 6ου αιώνα. Ωστόσο κρίνοντας από τις μικρές της διαστάσεις, την ύπαρξη υπερυψωμένου στυλοβάτη, επί του οπίου έβαιναν μάλλον πεσσοστοιχίες, και την πλήρη διαμόρφωση των παστοφορίων, δεν αποκλείεται μια χρονολόγηση στους μεταβατικούς χρόνους. Όταν το δεύτερο κτίσμα ερειπώθηκε, ανεγέρθηκε στο κεντρικό κλίτος μικρός μονόχωρος ναός αφιερωμένος στον Άγιο Γεώργιο, ο οποίος σήμερα δεν σώζεται.

Σε απόσταση 50 μ. περίπου βόρεια της βασιλικής ανασκάφτηκε κοσμικό κτήριο, αποτελούμενο από δυο ορθογώνιες αίθουσες. Το δάπεδο της ανατολικής αίθουσας ήταν καλυμμένο με θαυμάσιο ψηφιδωτό δάπεδο, με διάκοσμο οργανωμένο σε διάχωρα που περιείχαν γεωμετρικά μοτίβα και παραστάσεις από το ζωικό και θαλάσσιο βασίλειο. Στο κεντρικό διάχωρο εικονιζόταν ένας κάνθαρος πλαισιωμένος από δυο παγώνια. Η είσοδος στην αίθουσα αυτή γινόταν από τα ανατολικά. Τρεις ιωνικές βάσεις κατά μήκος του δυτικού τοίχου και τρεις χτιστές βάσεις πεσσών κατά μήκος του ανατολικού ανακρατούσαν τόξα που έφεραν τη στέγη. Η διαμόρφωση αυτή πρέπει να αναχθεί σε οψιμότερη φάση, καθώς τόσο οι βάσεις των κιόνων όσο και οι πεσσοί εδράζονταν πάνω στο ψηφιδωτό. Η αποκάλυψη αγωγών ύδατος, υδραυλικού κονιάματος στους τοίχους και μαρμάρινου λουτήρα στη ΒΔ γωνία της κύριας αίθουσας οδήγησε στην ταύτιση του κτηρίου με λουτρό. Ο ανασκαφέας Π. Λαζαρίδης πρότεινε για το κτίσμα μια χρονολόγηση στα μέσα του 4ου αι. μ.Χ. Αντίθετα η Π. Ατζακά τοποθετεί το ψηφιδωτό δάπεδο στην περίοδο από τα τέλη του 5ου ως τις αρχές του 6ου αι. μ.Χ.