Τρία (3) κτιριακά συγκροτήματα έχουν ανασκαφεί έως σήμερα στο Μοναστηράκι.



Το Νότιο συγκρότημα, το οποίο ανασκάφηκε αρχικά από Ελληνο-Ιταλική αποστολή, αποτελείται από πολλά δωμάτια. Σε δωμάτιο δίπλα στη νότια είσοδο του συγκροτήματος εντοπίστηκε το Πρώτο Αρχείο Σφραγισμάτων. Η πρόσβαση στο δωμάτιο αυτό γινόταν μέσω μιας ράμπας. Έχει αποκαλυφθεί επίσης οδικό σύστημα. Σημαντικό εύρημα στο εν λόγω συγκρότημα αποτελεί πήλινο ομοίωμα Ιερού.



Το Ανατολικό συγκρότημα περιελάμβανε ενενήντα (90) δωμάτια. Στο ισόγειο στεγάζονταν αποθηκευτικοί και εργαστηριακοί χώροι καθώς και χώροι λατρείας, ενώ στον όροφο υπήρχαν χώροι ενδιαιτήματος και διοίκησης. Στα βόρεια του Ανατολικού συγκροτήματος, έχουν αποκαλυφθεί ανοιχτοί χώροι και μαγειρεία. Το Δεύτερο Αρχείο Σφραγισμάτων, που αποτελείται από περισσότερα από εννιακόσια (900) σφραγίσματα, εντοπίστηκε σε δύο δωμάτια του ορόφου. Και στο Ανατολικό συγκρότημα έχει εντοπιστεί δρόμος εν είδει ράμπας, που οδηγούσε στην κορυφή του λόφου και διασταυρωνόταν με άλλους δρόμους με κατεύθυνση Β-Ν.



Το Δυτικό συγκρότημα ανασκάφηκε αρχικά από Γερμανούς αξιωματικούς/αρχαιολόγους στη διάρκεια του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου και κατόπιν από την Δρ. Αθανασία Κάντα. Η ανασκαφή έφερε στο φως μνημειώδες κτίριο με μεγαλιθική οδοντωτή πρόσοψη, χώρο τελετουργικού χαρακτήρα με κεντρικό πεσσό, καθώς και είσοδο με λίθινες παραστάδες. Στο Δυτικό συγκρότημα εντοπίστηκε το Τρίτο Αρχείο Σφραγισμάτων. Στα βόρεια και νότια του συγκροτήματος αποκαλύφθηκαν άνδηρα μεγάλων διαστάσεων καθώς και δύο αυλές.



Στο μεγάλο, ορθογώνιο πλάτωμα, στην κορυφή του λόφου υπήρχε Κεντρική Αυλή. Οι αυλές αποτελούν χαρακτηριστικό στοιχείο των μινωικών ανακτόρων. Η πρόσβαση σε αυτή γινόταν από τα ΝΔ και τα ΒΑ. Από την Κεντρική Αυλή ένας διάδρομος οδηγούσε στον Κόκκινο Χάρακα, τον βράχο που δεσπόζει στο κέντρο περίπου της θέσης. Στη ρίζα του βράχου υπάρχουν ίχνη κλιμακωτής πρόσβασης, ενώ στην ανατολική πλευρά του ανασκάφηκε σύμπλεγμα Ιερού.



Η τελική καταστροφή του οικισμού προήλθε από σεισμό και πυρκαγιά στο τέλος της Παλαιοανακτορικής (ΜΜΙΙΒ) περιόδου, γύρω στα 1700. π.Χ.