Η περιοχή των Λιθαρών προστατεύεται από υψώματα στα δυτικά, βόρεια και ανατολικά, ενώ προς νότο είναι ανοιχτή στο θηβαϊκό κάμπο. Ο οικισμός των Λιθαρών είχε μεγάλη έκταση ενώ μεγάλος ήταν και ο αριθμός των ευρημάτων που βρέθηκαν εδώ. Στις νότιες όχθες της λίμνης ερευνήθηκε τμήμα νεκροταφείου των αρχαϊκών χρόνων, ενώ κοντά στο νότιο σύνορο του πρωτοελλαδικού οικισμού εντοπίστηκαν θεμέλια κτηρίου της ελληνιστικής εποχής..

Η πολεοδομία του οικισμού δείχνει εξελιγμένη αντίληψη στους τρόπους επικοινωνίας και διακίνησης μεταξύ των κατοίκων. Διαθέτει μεγάλο λιθόστρωτο κεντρικό δρόμο μήκους 59 μ. και πλάτους 2,50 μ., το μακρύτερο στον πρωτοελλαδικό κόσμο και δευτερεύοντες παράλληλους και κάθετους δρομίσκους με ομάδες σπιτιών σε πυκνή διάταξη. Στα σπίτια παρατηρείται ποικιλία στην αρχιτεκτονική ενώ αποτελούνται από δύο ή τρία δωμάτια. Στην κατασκευή ομοιάζουν με αυτά της γειτονικής Εύτρησης. Τα δωμάτια έχουν σχήμα τραπέζιο, ορθογώνιο ή επίμηκες παραλληλόγραμμο και διαχωρίζονται μεταξύ τους με στενά περάσματα. Η τοιχοδομία είναι καλής κατασκευής. Οι τοίχοι έχουν πάχος 0,70 εκ. κατά προσέγγιση και κατασκευάζονταν με τρεις τρόπους: α. με μεγαλύτερους λίθους στις δύο όψεις και μικρότερους στη μέση, β. με λίθους ίσων διαστάσεων σε όλη την έκταση των τοίχων και γ. με μεγάλους ακανόνιστους ίσων διαστάσεων λίθους. Μέσα σε δωμάτιο διαστάσεων 4,80 και 3,70 μ. βρέθηκαν 17 πήλινα ειδώλια τα περισσότερα από τα οποία παριστάνουν ταύρους. Οι ανασκαφείς θεώρησαν το δωμάτιο ιερό και το ονόμασαν συμβατικά ''Ιερό των Ταύρων''. Είναι το μόνο δωμάτιο που είχε είσοδο που έβλεπε μάλιστα στον κεντρικό δρόμο. Η ποσότητα και η ποιότητα της κεραμικής που βρέθηκε στον οικισμό είναι εντυπωσιακές.

Κοντά στον οικισμό ανασκάφτηκαν συνολικά 50 τάφοι. Οι περισσότεροι από αυτούς αποτελούνται από ένα σπηλαιώδη θάλαμο βάθους 1μ, στον οποίο οδηγεί δρόμος μήκους 1μ. Οι θάλαμοι φαίνεται ότι είχαν λαξευτεί πρόχειρα. Ανασκάφτηκαν όμως και κιβωτιόσχημοι τάφοι με περίβολο και άλλοι που στα τοιχώματα των θαλάμων τους είχαν λαξευμένες κόγχες. Καθένας από τους τάφους αυτούς είχε χρησιμοποηθεί για πολλές ταφές. Ο νεκρός τοποθετούνταν μέσα στον τάφο σε συνεσταλμένη στάση έχοντας ένα λίθο ως προσκέφαλο κάτω από το κεφάλι του. Τα κτερίσματα των τάφων αποτελούσαν απλά αγγεία.